RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2015, том 7, выпуск 6, страницы 1241–1267 (Mi crm291)  

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Stoichiometric synthesis of metabolic pathways

[Стехиометрический синтез метаболических путей]

I. G. Minkevich

G. K. Skryabin Institute of Biochemistry and Physiology of Microorganisms, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow Region, 142290, Russia

Аннотация: Описан векторно-матричный подход для теоретического конструирования метаболических путей, превращающих химические соединения, а именно заданные субстраты, в желаемые продукты. Это математическая основа для генерирования альтернативных наборов биохимических реакций, выполняющих заданное превращение «субстрат-продукт». Эти пути получаются из применяемой базы данных по биохимическим реакциям и используют стехиометрию и ограничения, основанные на необратимости некоторых реакций. Показано, что число ограничений может быть заметно снижено благодаря существованию семейств параллельных ограничительных плоскостей в пространстве потоков через реакции. Совпадающие плоскости с противоположными направлениями ограничений приводят к существованию фиксированных значений потоков через реакции. Рассмотрена также задача исключения так называемых футильных циклов. Использование этих факторов позволяет существенно снизить сложность задачи и необходимые вычислительные ресурсы. Приведен пример альтернативных биохимических путей превращения глюкозы и глицерина в янтарную кислоту. Обнаружено, что для заданной пары «субстрат-продукт» многие пути имеют один и тот же баланс макроэргических связей.

Ключевые слова: теоретическая биохимия, субстрат, продукт, конверсия, альтернативные метаболические пути, стехиометрия, векторно-матричное описание, необратимые реакции, семейства ограничений.

DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2015-7-6-1241-1267

Полный текст: PDF файл (757 kB)
Полный текст: http://crm.ics.org.ru/.../2400
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 519.8
Поступила в редакцию: 29.10.2015
Язык публикации: английский

Образец цитирования: I. G. Minkevich, “Stoichiometric synthesis of metabolic pathways”, Компьютерные исследования и моделирование, 7:6 (2015), 1241–1267

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{Min15}
\by I.~G.~Minkevich
\paper Stoichiometric synthesis of metabolic pathways
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2015
\vol 7
\issue 6
\pages 1241--1267
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm291}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2015-7-6-1241-1267}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/crm291
  • http://mi.mathnet.ru/rus/crm/v7/i6/p1241

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Компьютерные исследования и моделирование
    Просмотров:
    Эта страница:44
    Полный текст:26
    Литература:15
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021