RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2014, том 6, выпуск 5, страницы 761–774 (Mi crm357)  

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Молекулярная модель образования комплекса ОСР с фикобилисомой

Д. В. Зленкоa, И. Н. Стадничукb, П. М. Красильниковa

a Биологический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 119991, г. Москва, Воробьёвы горы, 1/12
b Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН, Россия, 119071, г. Москва, Ленинский проспект, д. 33

Аннотация: Построена молекулярная модель взаимодействия фикобилисомыс ОСР, белком-тушителем, регулирующим передачу энергии от фикобилисом к фотосистемам в пигментном аппарате цианобактерий. Полученная модель не требует нарушения известной по рентгеноструктурным данным пространственной структуры взаимодействующих белков, а также позволяет удовлетворительно описать процесс переноса энергии к ОСР от фикобилисомы. Методом MM-PBSAрассчитана свободная энергия образования комплекса. Показано, что свободная энергия имеет величину не более нескольких десятков кДж/моль, что хорошо согласуется с наблюдаемой в эксперименте небольшой устойчивостью комплекса. Показано, что удельная свободная энергия взаимодействия рассматриваемых в модели весьма гидрофильных белков друг с другом при-мерно в два раза превышает удельную энергию их взаимодействия с водой, что свидетельствует о высокой комплементарности контактирующих белковых поверхностей и является сильным аргументом в пользу предложенной модели.

Ключевые слова: фикобилисома, комплексоообразование, молекулярное моделирование, свободная энергия.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 14-14-00589
Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда, грант No 14-14-00589. Все расчеты выполнены с использованием суперкомпьютеров «Ломоносов» и «Чебышёв» НИВЦ МГУ


DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2014-6-5-761-774

Полный текст: PDF файл (3384 kB)
Полный текст: http://crm.ics.org.ru/.../2193
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.31, 577.32, 577.34
Поступила в редакцию: 24.07.2014
Исправленный вариант: 18.08.2014

Образец цитирования: Д. В. Зленко, И. Н. Стадничук, П. М. Красильников, “Молекулярная модель образования комплекса ОСР с фикобилисомой”, Компьютерные исследования и моделирование, 6:5 (2014), 761–774

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ZleStaKra14}
\by Д.~В.~Зленко, И.~Н.~Стадничук, П.~М.~Красильников
\paper Молекулярная модель образования комплекса ОСР с фикобилисомой
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2014
\vol 6
\issue 5
\pages 761--774
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm357}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2014-6-5-761-774}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/crm357
  • http://mi.mathnet.ru/rus/crm/v6/i5/p761

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Компьютерные исследования и моделирование
    Просмотров:
    Эта страница:17
    Полный текст:9
    Литература:7
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019