Компьютерные исследования и моделирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2013, том 5, выпуск 1, страницы 47–64 (Mi crm381)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim

С. С. Хрущёв, А. М. Абатурова, А. Н. Дьяконова, Д. М. Устинин, Д. В. Зленко, В. А. Федоров, И. Б. Коваленко, Г. Ю. Ризниченко, А. Б. Рубин

Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биофизики, Россия, 119992, г. Москва, Ленинские горы, 1-12

Аннотация: Белок-белковые взаимодействия являются основой большинства биологических процессов. Компьютерное моделирование динамики связывания белков дает важную информацию для понимания механизмов их функционирования. Разработана компьютерная программа ProKSim (Protein Kinetics Simulator), предназначенная для моделирования взаимодействия макромолекул методом многочастичной броуновской динамики с учетом дальнодействующих электростатических взаимодействий. Проведено исследование диффузионно-столкновительных комплексов для трех пар белков: ферредоксин и ферредоксин:НАДФ${^+}$-редуктаза, пластоцианин и цитохром $f$, барназа и барстар. Исследована роль электростатических взаимодействий во взаимной ориентации молекул белков при образовании диффузионно-столкновительных комплексов.

Ключевые слова: многочастичная броуновская динамика, белок-белковые взаимодействия, механизмы молекулярного распознавания.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 11-04-01268
12-07-33036
12-04-31839
Работа поддержана грантами РФФИ 11-04-01268-a, 12-07-33036-мол_а_вед и 12-04-31839-мол_а. Работа выполнена с использованием ресурсов суперкомпьютерного комплекса МГУ имени М.В. Ломоносова [Воеводин и др., 2012].


DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2013-5-1-47-64

Полный текст: PDF файл (2578 kB)
Полный текст: http://crm.ics.org.ru/.../1989
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.2; 51-76
Поступила в редакцию: 05.12.2012
Исправленный вариант: 20.02.2013

Образец цитирования: С. С. Хрущёв, А. М. Абатурова, А. Н. Дьяконова, Д. М. Устинин, Д. В. Зленко, В. А. Федоров, И. Б. Коваленко, Г. Ю. Ризниченко, А. Б. Рубин, “Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim”, Компьютерные исследования и моделирование, 5:1 (2013), 47–64

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KhrAbaDia13}
\by С.~С.~Хрущёв, А.~М.~Абатурова, А.~Н.~Дьяконова, Д.~М.~Устинин, Д.~В.~Зленко, В.~А.~Федоров, И.~Б.~Коваленко, Г.~Ю.~Ризниченко, А.~Б.~Рубин
\paper Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики \textit{ProKSim}
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2013
\vol 5
\issue 1
\pages 47--64
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm381}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2013-5-1-47-64}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/crm381
  • http://mi.mathnet.ru/rus/crm/v5/i1/p47

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Е. С. Оплачко, Д. М. Устинин, М. Н. Устинин, “Облачные технологии и их применение в задачах вычислительной биологии”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 449–466  mathnet
  • Компьютерные исследования и моделирование
    Просмотров:
    Эта страница:105
    Полный текст:49
    Литература:6
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021