Компьютерные исследования и моделирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2013, том 5, выпуск 4, страницы 727–735 (Mi crm430)  

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Исследование механических свойств C-кадгерина методом молекулярной динамики

И. В. Лихачевa, О. В. Галзитскаяb, Н. К. Балабаевa

a Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт математических проблем биологии Российской академии наук, Россия, 142290, г. Пущино, Московская обл., ул. Институтская, д. 4
b Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт белка Российской академии наук, Россия, 142290, г. Пущино, Московская обл., ул. Институтская, д. 4

Аннотация: В настоящей работе исследуется механическая стабильность белка клеточной адгезии, кадгерина, методом молекулярной динамики с использованием явной модели растворителя. Было проведено моделирование разворачивания белка за концы с постоянной скоростью для апоформы белка и при наличии в ней ионов разных типов $(Ca^{2+}, Mg^{2+}, Na^{+}, K^{+})$. Было выполнено по 8 независимых вычислительных экспериментов для каждой формы белка и показано, что одновалентные ионы меньше стабилизируют структуру, чем двухвалентные при механическом разворачивании молекулы кадгерина за концы. Модельная система из двух аминокислот и иона металла между ними в опытах по растяжению демонстрирует свойства аналогичные поведению кадгерина: cистемы с ионами калия и натрия обладают меньшей механической стабильностью на внешнее силовое воздействие в сравнении с системами с кальцием и магнием.

Ключевые слова: С-кадгерин, молекулярная динамика, двухвалентные и одновалентные ионы.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 11-04-00763
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций 01201353567
Расчеты были выполнены на вычислительном кластере ИМПБ РАН. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (грант 11-04-00763), Президиума РАН (программы «Молекулярная и клеточная биология» (01201353567) и «Фундаментальные науки медицине»).


DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2013-5-4-727-735

Полный текст: PDF файл (639 kB)
Полный текст: http://crm.ics.org.ru/.../2078
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 541
Поступила в редакцию: 18.08.2012
Исправленный вариант: 05.07.2013

Образец цитирования: И. В. Лихачев, О. В. Галзитская, Н. К. Балабаев, “Исследование механических свойств C-кадгерина методом молекулярной динамики”, Компьютерные исследования и моделирование, 5:4 (2013), 727–735

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{LikGalBal13}
\by И.~В.~Лихачев, О.~В.~Галзитская, Н.~К.~Балабаев
\paper Исследование механических свойств C-кадгерина методом молекулярной динамики
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2013
\vol 5
\issue 4
\pages 727--735
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm430}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2013-5-4-727-735}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/crm430
  • http://mi.mathnet.ru/rus/crm/v5/i4/p727

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Компьютерные исследования и моделирование
    Просмотров:
    Эта страница:30
    Полный текст:15
    Литература:11
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021