RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2019, том 11, выпуск 4, страницы 685–693 (Mi crm736)  

МОДЕЛИ В ФИЗИКЕ И ТЕХНОЛОГИИ

Механизм диссоциации пары цитозинов, опосредованных ионами серебра

П. Н. Клюев, Р. Р. Рамазанов

Санкт-Петербургский государственный университет, физический факультет, Россия, 198504, г. Санкт-Петербург, Петергоф, ул. Ульяновская, д. 1

Аннотация: Разработка структурированных молекулярных систем на основе каркаса из нуклеиновых кислот учитывает способность одноцепочечной ДНК к образованию стабильной двухспиральной структуры за счет стэкинг-взаимодействий и водородных связей комплементарных пар нуклеотидов. Для увеличения стабильности двойной спирали ДНК и расширения температурного диапазона в протоколах гибридизации предложили использовать более стабильные металл-опосредованные комплексы пар нуклеотидов в качестве альтернативы уотсон-криковским водородным связям. Один из наиболее часто рассматриваемых вариантов — использование ионов серебра для стабилизации пары цитозинов из противоположных нитей ДНК. Ионы серебра специфично связываются с атомами N3 цитозинов вдоль оси спирали с образованием, как считается, прочной связи N3-Ag+-N3, относительно которой может образоваться два вращательных изомера — цис- и транс-конфигурации Cyt-Ag+-Cyt. В работе были проведены теоретическое исследование и сравнительный анализ профиля изменения свободной энергии (ПСЭ) диссоциации двух изомеров Cyt-Ag+-Cyt с использованием комбинированного метода молекулярной механики и квантовой химии (КМ/MM). В результате было показано, что цис-конфигурация более выгодна по энергии чем транс- для одиночной пары цитозинов, а геометрия глобального минимума на ПСЭ для обоих изомеров отличается от равновесных геометрий, полученных ранее методами квантовой химии. По-видимому, модель стабилизации ионами серебра дуплекса ДНК должна учитывать не только непосредственное связывание ионов серебра с цитозинами, но и наличие сопутствующих факторов, таких как стэкинг-взаимодействие в протяженной ДНК, межплоскостные водородные связи, а также металлофильное взаимодействие соседних ионов серебра.

Ключевые слова: ДНК, цитозины, ионы серебра, профиль свободной энергии.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 17-73-10070
Работа выполнена при финансовой поддержке РНФ, грант № 17-73-10070.


DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2019-11-4-685-693

Полный текст: PDF файл (318 kB)
Полный текст: http://crm.ics.org.ru/.../2827
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 544.77
Поступила в редакцию: 30.04.2019
Исправленный вариант: 02.07.2019
Принята в печать:02.07.2019

Образец цитирования: П. Н. Клюев, Р. Р. Рамазанов, “Механизм диссоциации пары цитозинов, опосредованных ионами серебра”, Компьютерные исследования и моделирование, 11:4 (2019), 685–693

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KliRam19}
\by П.~Н.~Клюев, Р.~Р.~Рамазанов
\paper Механизм диссоциации пары цитозинов, опосредованных ионами серебра
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2019
\vol 11
\issue 4
\pages 685--693
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm736}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2019-11-4-685-693}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/crm736
  • http://mi.mathnet.ru/rus/crm/v11/i4/p685

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Компьютерные исследования и моделирование
    Просмотров:
    Эта страница:7
    Полный текст:1
    Литература:2
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019