RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 176, 25 страниц (Mi ipmp2535)  

The study of interhelical angles in pairs of helices in protein molecules

[Исследование межспиральных углов в спиральных парах белковых молекул]

D. A. Tikhonov, L. I. Kulikova, A. V. Efimov


Аннотация: В данной работе проведен анализ распределения межспиральных углов в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Были разработаны правила отбора спиральных пар в структурах белковых молекул Protein Data Bank. Полученное множество спиральных пар было проанализировано с целью его классификации и установления закономерностей структурной организации. По критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей, полученное множество было разбито на три подмножества. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечения проекций спиралей, охватывает практически весь диапазон углов с одним максимумом в области прямого угла. Большинство пар этого множества составляют спиральные пары, состоящие из $\alpha$- и $3_{10}$-спиралей, а множества с пересечением только проекций спиралей — спиральные пары, образованные двумя $\alpha$-спиралями. Также показано, что образованные двумя $\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар множества с пересечением проекций и осей спиралей. При этом значительная часть указанных пар имеет острый угол ($20^\circ\leqslant\phi\leqslant60^\circ$) между осями спиралей. Проведен анализ распределения всех типов спиральных пар, принадлежащих различным множествам, в зависимости от длины перетяжки. Показано, что во всех множествах больше всего исследуемых структур с короткой перетяжкой.

Ключевые слова: структурные мотивы белков, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, угол между осями спиралей.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-01-00692_a
18-07-01031_а
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций 0017-2018-0013
The study was made with the support from the RFBR (projects 16-01-00692-a and 18-07-01031-а, within the framework of the state task (0017-2018-0013).


DOI: https://doi.org/10.20948/prepr-2018-176-e

Полный текст: PDF файл (1490 kB)
Полный текст: http:/.../preprint.asp?id=2018-176&lg=r
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Препринт
Язык публикации: английский

Образец цитирования: D. A. Tikhonov, L. I. Kulikova, A. V. Efimov, “The study of interhelical angles in pairs of helices in protein molecules”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 176, 25 pp.

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TikKulEfi18}
\by D.~A.~Tikhonov, L.~I.~Kulikova, A.~V.~Efimov
\paper The study of interhelical angles in pairs of helices in protein molecules
\jour Препринты ИПМ им.~М.~В.~Келдыша
\yr 2018
\papernumber 176
\totalpages 25
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ipmp2535}
\crossref{https://doi.org/10.20948/prepr-2018-176-e}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/ipmp2535
  • http://mi.mathnet.ru/rus/ipmp/y2018/p176

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Препринты Института прикладной математики им. М. В. Келдыша РАН
    Просмотров:
    Эта страница:9
    Полный текст:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019