RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 185, 16 страниц (Mi ipmp2544)  

База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа

В. Р. Руднев, Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, М. Ю. Губин, А. В. Ефимов


Аннотация: Данная работа посвящена созданию базы данных структурных мотивов белковых молекул, состоящих из двух элементов вторичной структуры, имеющих уникальные укладки полипептидной цепи в пространстве. Исследуемые мотивы представляют собой пары любого типа спиралей, соединëнные между собой перетяжками различной ненулевой длины и различной конформации. Для каждой структуры рассчитаны геометрические параметры. Интерфейс базы данных позволяет выполнять операции поиска, сортировки, фильтрации по всем параметрам, что дает возможность получать выборки структур с заданными геометрическими характеристиками. Также интерфейс системы позволяет проводить статистический анализ и строить гистограммы распределения различных характеристик структур в выборке. Таким образом, имеется возможность исследовать корреляцию геометрии пространственных структур исследуемых мотивов с аминокислотной последовательностью. Система позволяет выгружать полученные выборки в файловую систему в формате CSV. Формат выгрузки и набор выгружаемых данных настраиваются в интерфейсе. Выгрузка может содержать как все геометрические характеристики интересующих структур, так и соответствующие аминокислотные последовательности. Интерфейс базы данных позволяет также просматривать 3D модели интересующих структурных мотивов.

Ключевые слова: структурные мотивы белковых молекул, база данных, спиральные пары, межспиральные расстояния, углы между осями спиралей, площадь пересечения проекций спиралей.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 18-07-01031_а
16-01-00692_а
Работа выполнена при частичной поддержке Российского фонда фундаментальных исследований, проекты № 18-07-01031-а и № 16-01-00692-а.


DOI: https://doi.org/10.20948/prepr-2018-185

Полный текст: PDF файл (879 kB)
Полный текст: http:/.../preprint.asp?id=2018-185&lg=r
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Препринт

Образец цитирования: В. Р. Руднев, Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, М. Ю. Губин, А. В. Ефимов, “База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 185, 16 с.

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{RudTikKul18}
\by В.~Р.~Руднев, Д.~А.~Тихонов, Л.~И.~Куликова, М.~Ю.~Губин, А.~В.~Ефимов
\paper База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа
\jour Препринты ИПМ им.~М.~В.~Келдыша
\yr 2018
\papernumber 185
\totalpages 16
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ipmp2544}
\crossref{https://doi.org/10.20948/prepr-2018-185}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/ipmp2544
  • http://mi.mathnet.ru/rus/ipmp/y2018/p185

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Препринты Института прикладной математики им. М. В. Келдыша РАН
    Просмотров:
    Эта страница:10
    Полный текст:3

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019