RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер. Математика. Механика. Информатика:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер. Математика. Механика. Информатика, 2013, том 13, выпуск 2(2), страницы 51–57 (Mi isu413)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Информатика

Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома

А. А. Сергушичевa, А. В. Александровa, С. В. Казаковa, Ф. Н. Царевb, А. А. Шалытоc

a Кафедра компьютерных технологий, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
b Кафедра программной инженерии и верификации программ, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
c Кафедра технологий программирования, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики

Аннотация: В работе предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей из парных чтений. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на три этапа: сборка квазиконтигов из чтений, сборка контигов из квазиконтигов и микросборка. На первом из этапов используется граф де Брёйна, на втором – граф перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях геномов бактерии E. Coli (размер генома – $4.5$ миллиона нуклеотидов) и рыбы Maylandia zebra (размер генома – миллиард нуклеотидов). Преимущество разработанного метода состоит в том, что для его работы требуется существенно меньше оперативной памяти по сравнению с существующими программными средствами для сборки генома.

Ключевые слова: сборка генома, контиги, граф де Брёйна, граф перекрытий, микросборка.

Полный текст: PDF файл (166 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 004.021

Образец цитирования: А. А. Сергушичев, А. В. Александров, С. В. Казаков, Ф. Н. Царев, А. А. Шалыто, “Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома”, Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер. Математика. Механика. Информатика, 13:2(2) (2013), 51–57

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SerAleKaz13}
\by А.~А.~Сергушичев, А.~В.~Александров, С.~В.~Казаков, Ф.~Н.~Царев, А.~А.~Шалыто
\paper Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для \textit{de novo} сборки генома
\jour Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер. Математика. Механика. Информатика
\yr 2013
\vol 13
\issue 2(2)
\pages 51--57
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/isu413}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/isu413
  • http://mi.mathnet.ru/rus/isu/v13/i4/p51

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. К. В. Романенков, “Метод оценки качества сборки генома на основе частот $k$-меров”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2017, 011, 24 с.  mathnet  crossref
  • Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия Математика. Механика. Информатика
    Просмотров:
    Эта страница:195
    Полный текст:67
    Литература:23

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018