RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Модел. и анализ информ. систем:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Модел. и анализ информ. систем, 2019, том 26, номер 3, страницы 360–364 (Mi mais685)  

Computer system organization

GRID-система на основе европейских стандартов EGI для крупномасштабных расчетов по оригинальному ускоренному методу квантовой химии

Н. А. Аникинa, А. Ю. Мускатинa, М. Б. Кузьминскийa, А. И. Русаковb

a Институт органической химии им. Н. Д. Зелинского Российской академии наук, Ленинский проспект, 47, г. Москва, 119991 Россия
b Ярославский государственный университет им. П. Г. Демидова, ул. Советская, 14, г. Ярославль, 150003 Россия

Аннотация: На основе анализа современных средств создания ИС GRID-типа, входящих в ставший европейским EGI-“стандартом” репозиторий UMD (включая новые версии Globus Toolkit, ARC, dCache и др.), кратко рассмотрено применение GRID-систем для задач вычислительной химии. Созданная авторами GRID-система объединяет два кластера с Linux CentOS 7 и базируется на программном обеспечении из UMD-4. Актуальность и эффективность применения систем пакетной обработки (у нас используется Torque 4.2.10) в квантовохимических расчетах повышается для массовых расчетов докинг-комплексов (в т.ч. для задач моделирования лекарств), для чего был предложен усовершенствованный полуэмпирический метод с более эффективными аппроксимациями, реализованный в программном комплексе LSSDOCK на Fortran-95. Для таких расчетов разработаны новые методы аппроксимаций, в т.ч. для функционалов DFT, и осуществляется их программная реализация. Разработаны конверторы результатов расчетов по LSSDOCK в естественный для GRID, основанный на XML, формат CML версии 3. С использованием CML-формата на базе программных средств dCache реализовано единое дерево виртуальной файловой GRID-системы, распределённой между гетерогенными узлами, которое используется для хранения результатов расчетов по LSSDOCK.

Ключевые слова: GRID, UMD, Web-сервисы, распределенная файловая система, CML, квантовая химия, докинг-комплексы.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 18-07-00657_а
Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ в рамках научного проекта № 18-07-00657.


DOI: https://doi.org/10.18255/1818-1015-360-364

Полный текст: PDF файл (433 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 004.4: 004.7
Поступила в редакцию: 09.07.2019
Исправленный вариант: 02.09.2019
Принята в печать:04.09.2019

Образец цитирования: Н. А. Аникин, А. Ю. Мускатин, М. Б. Кузьминский, А. И. Русаков, “GRID-система на основе европейских стандартов EGI для крупномасштабных расчетов по оригинальному ускоренному методу квантовой химии”, Модел. и анализ информ. систем, 26:3 (2019), 360–364

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{AniMusKuz19}
\by Н.~А.~Аникин, А.~Ю.~Мускатин, М.~Б.~Кузьминский, А.~И.~Русаков
\paper GRID-система на основе европейских стандартов~EGI для крупномасштабных расчетов~по~оригинальному ускоренному методу~квантовой~химии
\jour Модел. и анализ информ. систем
\yr 2019
\vol 26
\issue 3
\pages 360--364
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mais685}
\crossref{https://doi.org/10.18255/1818-1015-360-364}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mais685
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mais/v26/i3/p360

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Моделирование и анализ информационных систем
    Просмотров:
    Эта страница:18
    Полный текст:5
    Литература:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020