RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2012, том 7, выпуск 2, страницы 461–475 (Mi mbb116)  

Биоинформатика

Поиск парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов

В. М. Пугачева, А. Е. Коротков, Е. В. Коротков

Центр «Биоинженерия», Российская академия наук, Москва, 117312, Россия

Аннотация: В настоящей работе был разработан математический метод для поиска парных сдвигов фазы триплетной периодичности, которые могут представлять собой потенциальные сдвиги рамки считывания в генах, возникающие при вставках сравнительно больших фрагментов ДНК. Был разработан программный комплекс на основе предложенного математического метода и проверено присутствие парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов. Наши результаты показывают, что примерно 1% бактериальных генов в 17 изученных геномах имеет такой парный сдвиг фазы триплетной периодичности. В статье разработан метод визуализации парных сдвигов фазы триплетной периодичности и приведены примеры таких парных сдвигов. Результаты работы нашли частичное подтверждение при поиске подобий аминокислотных последовательностей, созданных по альтернативным рамкам считывания. Обсуждается связь парных сдвигов фазы триплетной периодичности со сдвигами рамки считывания в генах.

Ключевые слова: триплетная периодичность, рамка считывания, сдвиги, фаза.

Полный текст: PDF файл (980 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 577.212.2
Материал поступил в редакцию 11.05.2012, опубликован 07.08.2012

Образец цитирования: В. М. Пугачева, А. Е. Коротков, Е. В. Коротков, “Поиск парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 461–475

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{PugKorKor12}
\by В.~М.~Пугачева, А.~Е.~Коротков, Е.~В.~Коротков
\paper Поиск парных точек сдвига фазы триплетной периодичности в генах из 17 бактериальных геномов
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2012
\vol 7
\issue 2
\pages 461--475
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb116}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb116
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i2/p461

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:197
    Полный текст:49
    Литература:21
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019