RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2012, том 7, выпуск 2, страницы 476–492 (Mi mbb117)  

Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)

Биоинформатика

Поиск протяженных повторов в геномах на основе спектрально-аналитического метода

А. Н. Панкратовab, М. И. Пятковa, Р. К. Тетуевa, Н. Н. Назиповаa, Ф. Ф. Дедусb

a Институт математических проблем биологии РАН, 142290, Пущино, ул. Институтская, д. 4
b Факультет ВМК МГУ имени М. В. Ломоносова, 119991 ГСП-1, Москва, Ленинские горы

Аннотация: Разработан спектрально-аналитический подход к выявлению размытых протяженных повторов в геномных последовательностях. Метод основан на разномасштабном интегральном оценивании сходства нуклеотидных последовательностей в пространстве коэффициентов разложения фрагментов кривых GC- и GA-содержания по классическим ортогональным базисам. Найдены условия оптимальной аппроксимации, обеспечивающие автоматическое распознавание повторов различных видов (прямых и инвертированных, а также тандемных) на спектральной матрице сходства. Метод одинаково хорошо работает на разных масштабах данных. Он позволяет выявлять следы сегментных дупликаций и мегасателлитные участки в геноме, районы синтении при сравнении пары геномов. Его можно использовать для детального изучения фрагментов хромосом (поиска размытых участков с умеренной длиной повторяющегося паттерна).

Ключевые слова: сравнение геномов, аппроксимация, матрица сходства, распознавание образов, мегасателлиты, разнесенные повторы.

Полный текст: PDF файл (481 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 519
Материал поступил в редакцию 15.07.2012, опубликован 08.08.2012

Образец цитирования: А. Н. Панкратов, М. И. Пятков, Р. К. Тетуев, Н. Н. Назипова, Ф. Ф. Дедус, “Поиск протяженных повторов в геномах на основе спектрально-аналитического метода”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 476–492

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{PanPyaTet12}
\by А.~Н.~Панкратов, М.~И.~Пятков, Р.~К.~Тетуев, Н.~Н.~Назипова, Ф.~Ф.~Дедус
\paper Поиск протяженных повторов в геномах на основе спектрально-аналитического метода
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2012
\vol 7
\issue 2
\pages 476--492
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb117}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb117
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i2/p476

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. А. Н. Панкратов, Р. К. Тетуев, М. И. Пятков, В. П. Тойгильдин, Н. Н. Попова, “Спектрально-аналитический метод распознавания неточных повторов в символьных последовательностях”, Труды ИСП РАН, 27:6 (2015), 335–344  mathnet  crossref  elib
    2. Р. К. Тетуев, М. И. Пятков, А. Н. Панкратов, “Параллельный алгоритм глобального выравнивания протяжённых аминокислотных и нуклеотидных последовательностей”, Матем. биология и биоинформ., 12:1 (2017), 137–150  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:275
    Полный текст:69
    Литература:34
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019