RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 1, страницы 225–233 (Mi mbb141)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Материалы IV Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»

Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений

В. А. Любецкий, А. В. Селиверстов, О. А. Зверков

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича Российской академии наук (ИППИ РАН)

Аннотация: Разделение белков по семействам, разделяющим паралоги, позволяет уточнять аннотации белков и выполнять поиск семейства по его филогенетическому профилю, который определяется разбиением множества видов на три части. Части задают присутствие/отсутствие белка (сайта связывания или другого признака вида), а также случай неопределённости в этом отношении. Другое применение — поиск белков, уникальных для узкой таксономической группы («подписей»). Нами разработан алгоритм, формирующий такие семейства. Он применён к разным множествам белков. В том числе к белкам, кодируемым в пластомах 186-ти видов цветковых растений. В этом случае соответствующая база данных и алгоритм поиска семейства по его филогенетическому профилю свободно доступны по адресу http://lab6.iitp.ru/ppc/magnoliophyta/. Алгоритм применён для разделения (кластеризации) белков, кодируемых в митохондриях 66-ти видов таксономической группы зелёных растений (Viridiplantae), и получена соответствующая база данных http://lab6.iitp.ru/mpc/viridiplantae/. Он применён к родофитной и хлорофитной (водоросли и мохообразные) ветвям пластид, и получены соответствующие базы данных, http://lab6.iitp.ru/ppc/redline/ и http://lab6.iitp.ru/ppc/chlorophyta/. На этой основе получены биологические результаты. Например, в митохондриях винограда (Vitis vinifera) найдены уникальные для них белки, которые в то же время типичны для пластид, что позволяет предсказать горизонтальный перенос из пластид в митохондрии. Формальная постановка задачи кластеризации белков, по-видимому, далека от завершения.

Ключевые слова: кластеризация, белковые семейства, пластиды, митохондрии.

Полный текст: PDF файл (453 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 577.29
Материал поступил в редакцию 13.03.2012, опубликован 27.05.2013

Образец цитирования: В. А. Любецкий, А. В. Селиверстов, О. А. Зверков, “Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений”, Матем. биология и биоинформ., 8:1 (2013), 225–233

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{LyuSelZve13}
\by В.~А.~Любецкий, А.~В.~Селиверстов, О.~А.~Зверков
\paper Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 1
\pages 225--233
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb141}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb141
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i1/p225

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Lyubetsky V.A., Seliverstov A.V., Zverkov O.A., “Transcription Regulation of Plastid Genes Involved in Sulfate Transport in Viridiplantae”, Biomed Res. Int., 2013, 413450  crossref  isi  elib  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:200
    Полный текст:43
    Литература:27
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019