RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 1, страницы 248–257 (Mi mbb143)  

Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)

Материалы IV Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»

Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5'-нетранслируемом районе

Ю. Г. Матушкин, В. Г. Левицкий, В. С. Соколов, В. А. Лихошвай, Ю. Л. Орлов

Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, 630090, Россия

Аннотация: Ранее был предложен индекс эффективности элонгации трансляции (индекс эффективности элонгации — ИЭЭ), позволяющий адекватно оценивать эффективность экспрессии генов в одноклеточных организмах на основе нуклеотидного контекста кодирующей части генов. Мы проанализировали связь между ИЭЭ и профилем формирования нуклеосом в промоторных районах на выборке генов двух видов дрожжей. Теоретические оценки потенциала формирования нуклеосом (ПФН) были получены с помощью метода Recon. Экспериментальная оценка расположения нуклеосом была получена из данных по высокопроизводительному секвенированию нуклеосомной ДНК в S. cerevisiae. Вычислялся коэффициент корреляции между двумя векторами: вектор значений ПФН для определенной позиции фазированных относительно старта трансляции (AUG) всех последовательностей и вектор значений ИЭЭ для всех последовательностей. Профили коэффициентов корреляции между ПФН и ИЭЭ были получены для $(-600; +600)$ участков, относительно старта трансляции экстрагированных из GenBank последовательностей генов. Для S. pombe: для всех генов и для 15% высокоэкспрессирующихся генов (15% последовательностей с максимальным ИЭЭ) мы нашли участки негативной зависимости между ПФН и ИЭЭ. Для S. cerevisiae: для всех генов и для низкоэкспрессирующихся генов (15% последовательностей с минимальным ИЭЭ) мы нашли участки позитивной зависимости между ПФН и ИЭЭ. Выявленная зависимость между ПФН и ИЭЭ может быть объяснена отбором в процессе эволюции контекстных характеристик последовательностей направленным на оптимизацию экспрессии генов. В высокоэкспрессирующихся последовательностях (высокое значение ИЭЭ) инициация транскрипции должна быть облегчена, следовательно нуклеосомная упаковка в промоторной области не должна быть слишком плотной. Для низкоэкспрессирующихся последовательностей — наоборот.

Ключевые слова: эффективность трансляции, нуклеосомный потенциал, корреляции, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe.

Полный текст: PDF файл (807 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 575.852
Материал поступил в редакцию 28.05.2013, опубликован 17.06.2013

Образец цитирования: Ю. Г. Матушкин, В. Г. Левицкий, В. С. Соколов, В. А. Лихошвай, Ю. Л. Орлов, “Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5'-нетранслируемом районе”, Матем. биология и биоинформ., 8:1 (2013), 248–257

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{MatLevSok13}
\by Ю.~Г.~Матушкин, В.~Г.~Левицкий, В.~С.~Соколов, В.~А.~Лихошвай, Ю.~Л.~Орлов
\paper Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5'-нетранслируемом районе
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 1
\pages 248--257
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb143}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb143
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i1/p248

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Е. В. Кулакова, А. М. Спицина, А. Г. Богомолов, Н. Г. Орлова, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов, “Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки по данным, полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C”, Программные системы: теория и приложения, 8:1 (2017), 219–242  mathnet  crossref
    2. А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов, “Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекc ExpGene”, Программные системы: теория и приложения, 8:2 (2017), 45–68  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:110
    Полный текст:35
    Литература:23
    Первая стр.:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019