RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 2, страницы 432–448 (Mi mbb153)  

Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)

Биоинформатика

Мультиспецифичные промоторные островки как участки генома с необычными структурными и функциональными свойствами

В. В. Панюковa, С. С. Киселевbc, К. С. Шавкуновcb, И. С. Масулисcb, О. Н. Озолиньbc

a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
c Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация: В работе исследуются необычные участки генома кишечной палочки — мультиспецифичные промоторные островки — имеющие высокую плотность потенциальных точек инициации транскрипции. Они предсказаны алгоритмом PlatPromU без учёта консервативных элементов, распознаваемых $\sigma$-субъединицами РНК-полимеразы, и поэтому должны взаимодействовать с полимеразой, в состав которой входят разные $\sigma$-факторы. Было установлено, что по структурным и функциональным свойствам эти островки очень похожи на промоторные островки, обнаруженные ранее алгоритмом PlatProm, который был адаптирован к поиску промоторов основного сигма- фактора кишечной палочки —$\sigma^{70}$. Так, подобно промоторным островкам, большинство мультиспецифичных островков находится в регуляторной области генов, приобретённых E. coli в результате горизонтального переноса. Для двойной спирали островков характерны большая степень изогнутости и закрученности, чем для обычных промоторов. Оба типа островков лучше, чем обычные промоторы, формируют комплексы с РНК-полимеразой, но хуже их начинают синтез полноразмерных мРНК. В значительной степени эта супрессия объясняется повышенной способностью островков взаимодействовать с гистоноподобным ингибиторным белком H-NS. Однако синтез РНК с промоторного островка, ассоциированного с геном appY, возрастал при его переносе в плазмиду pET28b-eGFP и оказался зависимым не только от наличия мест связывания H-NS, но и от пространственной конфигурации соседних участков. Это значит, что конформационные изменения генома могут увеличить транскрипционную активность островков, предоставив продукты рядом лежащих генов для метаболизма бактериальной клетки.

Ключевые слова: промоторные островки, структура ДНК, инициация транскрипции, H-NS, горизонтальный перенос генов, бактериальная эволюция.

Полный текст: PDF файл (1253 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 579:252
Материал поступил в редакцию 23.07.2013, опубликован 01.09.2013

Образец цитирования: В. В. Панюков, С. С. Киселев, К. С. Шавкунов, И. С. Масулис, О. Н. Озолинь, “Мультиспецифичные промоторные островки как участки генома с необычными структурными и функциональными свойствами”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 432–448

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{PanKisSha13}
\by В.~В.~Панюков, С.~С.~Киселев, К.~С.~Шавкунов, И.~С.~Масулис, О.~Н.~Озолинь
\paper Мультиспецифичные промоторные островки как участки генома с необычными структурными и функциональными свойствами
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 2
\pages 432--448
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb153}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb153
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i2/p432

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Purtov Yu.A., Glazunova O.A., Antipov S.S., Pokusaeva V.O., Fesenko E.E., Preobrazhenskaya E.V., Shavkunov K.S., Tutukina M.N., Lukyanov V.I., Ozoline O.N., “Promoter Islands as a Platform For Interaction With Nucleoid Proteins and Transcription Factors”, J. Bioinform. Comput. Biol., 12:2, SI (2014), 1441006  crossref  isi  elib  scopus
    2. Н. Ю. Маркелова, И. С. Масулис, О. Н. Озолинь, “REP-элементы генома Escherichia coli и сигналы транскрипции: позиционный и функциональный анализ”, Матем. биология и биоинформ., 10:1 (2015), 245–259  mathnet  crossref
    3. Н. А. Сухаричева, С. С. Киселев, О. Н. Озолинь, И. С. Масулис, “Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области oppA-oppB у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 294–308  mathnet  crossref
    4. Masulis I.S., Babaeva Z.Sh., Chernyshov S.V., Ozoline O.N., “Visualizing the Activity of Escherichia Coli Divergent Promoters and Probing Their Dependence on Superhelical Density Using Dual-Colour Fluorescent Reporter Vector”, Sci Rep, 5 (2015), 11449  crossref  isi  elib  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:128
    Полный текст:31
    Литература:22
    Первая стр.:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018