Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 2, страницы 432–448 (Mi mbb153)  

Эта публикация цитируется в 7 научных статьях (всего в 7 статьях)

Биоинформатика

Мультиспецифичные промоторные островки как участки генома с необычными структурными и функциональными свойствами

В. В. Панюковa, С. С. Киселевbc, К. С. Шавкуновcb, И. С. Масулисcb, О. Н. Озолиньbc

a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
c Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация: В работе исследуются необычные участки генома кишечной палочки — мультиспецифичные промоторные островки — имеющие высокую плотность потенциальных точек инициации транскрипции. Они предсказаны алгоритмом PlatPromU без учёта консервативных элементов, распознаваемых $\sigma$-субъединицами РНК-полимеразы, и поэтому должны взаимодействовать с полимеразой, в состав которой входят разные $\sigma$-факторы. Было установлено, что по структурным и функциональным свойствам эти островки очень похожи на промоторные островки, обнаруженные ранее алгоритмом PlatProm, который был адаптирован к поиску промоторов основного сигма- фактора кишечной палочки —$\sigma^{70}$. Так, подобно промоторным островкам, большинство мультиспецифичных островков находится в регуляторной области генов, приобретённых E. coli в результате горизонтального переноса. Для двойной спирали островков характерны большая степень изогнутости и закрученности, чем для обычных промоторов. Оба типа островков лучше, чем обычные промоторы, формируют комплексы с РНК-полимеразой, но хуже их начинают синтез полноразмерных мРНК. В значительной степени эта супрессия объясняется повышенной способностью островков взаимодействовать с гистоноподобным ингибиторным белком H-NS. Однако синтез РНК с промоторного островка, ассоциированного с геном appY, возрастал при его переносе в плазмиду pET28b-eGFP и оказался зависимым не только от наличия мест связывания H-NS, но и от пространственной конфигурации соседних участков. Это значит, что конформационные изменения генома могут увеличить транскрипционную активность островков, предоставив продукты рядом лежащих генов для метаболизма бактериальной клетки.

Ключевые слова: промоторные островки, структура ДНК, инициация транскрипции, H-NS, горизонтальный перенос генов, бактериальная эволюция.

Полный текст: PDF файл (1253 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 579:252
Материал поступил в редакцию 23.07.2013, опубликован 01.09.2013

Образец цитирования: В. В. Панюков, С. С. Киселев, К. С. Шавкунов, И. С. Масулис, О. Н. Озолинь, “Мультиспецифичные промоторные островки как участки генома с необычными структурными и функциональными свойствами”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 432–448

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{PanKisSha13}
\by В.~В.~Панюков, С.~С.~Киселев, К.~С.~Шавкунов, И.~С.~Масулис, О.~Н.~Озолинь
\paper Мультиспецифичные промоторные островки как участки генома с необычными структурными и функциональными свойствами
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 2
\pages 432--448
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb153}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb153
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i2/p432

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Purtov Yu.A., Glazunova O.A., Antipov S.S., Pokusaeva V.O., Fesenko E.E., Preobrazhenskaya E.V., Shavkunov K.S., Tutukina M.N., Lukyanov V.I., Ozoline O.N., “Promoter Islands as a Platform For Interaction With Nucleoid Proteins and Transcription Factors”, J. Bioinform. Comput. Biol., 12:2, SI (2014), 1441006  crossref  isi  elib  scopus
    2. Н. Ю. Маркелова, И. С. Масулис, О. Н. Озолинь, “REP-элементы генома Escherichia coli и сигналы транскрипции: позиционный и функциональный анализ”, Матем. биология и биоинформ., 10:1 (2015), 245–259  mathnet  crossref
    3. Н. А. Сухаричева, С. С. Киселев, О. Н. Озолинь, И. С. Масулис, “Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области oppA-oppB у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 294–308  mathnet  crossref
    4. Masulis I.S., Babaeva Z.Sh., Chernyshov S.V., Ozoline O.N., “Visualizing the Activity of Escherichia Coli Divergent Promoters and Probing Their Dependence on Superhelical Density Using Dual-Colour Fluorescent Reporter Vector”, Sci Rep, 5 (2015), 11449  crossref  isi  elib  scopus
    5. N. Yu. Markelova, I. S. Masulis, O. N. Ozoline, “REP-elements of the Escherichia coli genome and transcription signals: positional and functional analysis”, Матем. биология и биоинформ., 11, Suppl. (2016), 1–14  mathnet  crossref
    6. S. S. Antipov, M. N. Tutukina, E. V. Preobrazhenskaya, F. A. Kondrashov, M. V. Patrushev, S. V. Toshchakov, I. Dominova, U. S. Shvyreva, V. V. Vrublevskaya, O. S. Morenkov, N. A. Sukharicheva, V. V. Panyukov, O. N. Ozoline, “The nucleoid protein Dps binds genomic DNA of Escherichia coli in a non-random manner”, PLoS One, 12:8 (2017), e0182800  crossref  isi  scopus
    7. Bykov A., Glazunova O., Alikina O., Sukharicheva N., Masulis I., Shavkunov K., Ozoline O., “Excessive Promoters as Silencers of Genes Horizontally Acquired By Escherichia Coli”, Front. Mol. Biosci., 7 (2020), 28  crossref  isi  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:258
    Полный текст:47
    Литература:34
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021