RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 2, страницы 480–501 (Mi mbb156)  

Эта публикация цитируется в 3 научных статьях (всего в 3 статьях)

Биоинформатика

Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов

М. Б. Чалейa, В. А. Кутыркинb, Е. И. Теплухинаa, Г. Э. Тюльбашеваa, Н. Н. Назиповаa

a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Московский государственный технический университет им. Н. Э. Баумана, Москва, 107005, Россия

Аннотация: Представлен анализ данных первого выпуска базы HeteroGenome, содержащей выявленные районы скрытой периодичности в геномах ряда эукариотических организмов. Тандемные повторы с различной сохранностью копий паттерна, включая сильно размытые повторы, были идентифицированы в геномах S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans и D. melanogaster. Данные были получены с помощью оригинального спектрально-статистического подхода к поиску достоверных районов скрытой периодичности в последовательностях ДНК. Введение двухуровневой структуры представления данных (на первом, неизбыточном, уровне районы скрытой периодичности рассматриваются в целом, на втором уровне — консервативные фрагменты их периодической структуры) позволило оценить долю покрытия ($\sim10%$ от длины генома) анализируемых геномов районами скрытой периодичности. Оценка выведена на основе данных первого уровня. Анализ количественного и качественного состава (по уровню дивергенции) районов скрытой периодичности по всем хромосомам рассматриваемых организмов выявил характеристические типы периодичности в геноме каждого организма. Получены гистограммы плотности распределения районов скрытой периодичности для каждой хромосомы рассматриваемых геномов. Выявлен репертуар длин периодов в геномах. База данных HeteroGenome предоставляет дополнительные возможности анализа содержащихся в ней данных и доступна по адресу: http://www.jcbi.ru/lp_baze/.

Ключевые слова: скрытая периодичность, тандемные повторы, анализ генома.

Полный текст: PDF файл (1706 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.322
Материал поступил в редакцию 23.07.2013, опубликован 24.09.2013

Образец цитирования: М. Б. Чалей, В. А. Кутыркин, Е. И. Теплухина, Г. Э. Тюльбашева, Н. Н. Назипова, “Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 480–501

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ChaKutTep13}
\by М.~Б.~Чалей, В.~А.~Кутыркин, Е.~И.~Теплухина, Г.~Э.~Тюльбашева, Н.~Н.~Назипова
\paper Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 2
\pages 480--501
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb156}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb156
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i2/p480

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. М. Б. Чалей, В. А. Кутыркин, “Распознавание скрытой периодичности в последовательностях ДНК”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 502–512  mathnet
    2. Е. В. Коротков, А. А. Шеленков, М. А. Короткова, “К вопросу о распознавании скрытой периодичности в последовательностях ДНК”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 529–536  mathnet
    3. В. А. Кутыркин, М. Б. Чалей, “Спектрально-статистический подход к распознаванию скрытой профильной периодичности в последовательностях ДНК”, Матем. биология и биоинформ., 9:1 (2014), 33–62  mathnet
  • Просмотров:
    Эта страница:108
    Полный текст:38
    Литература:17
    Первая стр.:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018