RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2013, том 8, выпуск 2, страницы 553–664 (Mi mbb162)  

Эта публикация цитируется в 6 научных статьях (всего в 6 статьях)

Обзоры

Теоретические и экспериментальные исследования открытых состояний ДНК

А. С. Шигаев, О. А. Пономарёв, В. Д. Лахно

Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация: Работа посвящена обзору и анализу литературных данных, касающихся свойств открытых состояний ДНК. Данные состояния возникают вследствие крупных флуктуаций дуплекса и оказывают большое влияние на целый ряд биохимических процессов, в том числе на перенос электрического заряда в ДНК. Проведён сравнительный анализ экспериментальных данных по кинетике и термодинамике открытых состояний ДНК в широком интервале температур. Объяснены противоречия между результатами разных экспериментов. На основе различия термодинамических свойств и других характеристик выделено три типа открытых состояний ДНК, а также дано современное определение термина «открытое состояние». Представлен краткий обзор простых математических моделей ДНК, в большинстве которых состояние каждой пары оснований описывается одной-двумя переменными. Рассмотрены основные проблемы исследования гетерогенной ДНК в рамках подходов данного уровня. Обсуждается роль каждой из групп моделей в интерпретации экспериментальных данных. Особое внимание уделено изучению процессов переноса и локализации энергии колебаний нуклеотидных пар в дуплексе при помощи механических моделей. Показано, что данные процессы играют ключевую роль в динамике гетерогенного дуплекса, а их теоретическое исследование крайне важно для развития современной молекулярной биологии и биофизики. Рассмотрены основные особенности теоретических подходов, благодаря которым удалось описать различные экспериментальные данные. Описаны перспективы развития моделей, предложены конкретные детали оптимизации, а также возможные способы модернизации некоторых экспериментальных методик.

Ключевые слова: модели ДНК, динамика ДНК, перенос энергии, локализация энергии, открытое состояние ДНК, пузырёк денатурации, открывание одиночной пары оснований.

Полный текст: PDF файл (2779 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 538.9:577.31
Материал поступил в редакцию 22.10.2013, опубликован 11.12.2013

Образец цитирования: А. С. Шигаев, О. А. Пономарёв, В. Д. Лахно, “Теоретические и экспериментальные исследования открытых состояний ДНК”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 553–664

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ShiPonLak13}
\by А.~С.~Шигаев, О.~А.~Пономарёв, В.~Д.~Лахно
\paper Теоретические и экспериментальные исследования открытых состояний~ДНК
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 2
\pages 553--664
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb162}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb162
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i2/p553

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. В. Д. Лахно, А. П. Четвериков, “Возбуждение бабблов и бризеров в ДНК и их взаимодействие с носителями заряда”, Матем. биология и биоинформ., 9:1 (2014), 4–19  mathnet
    2. А. Н. Коршунова, В. Д. Лахно, “Особенности движения полярона в молекулярных полинуклеотидных цепочках конечной длины при наличии в цепочке локализованных возбуждений”, Матем. биология и биоинформ., 12:1 (2017), 204–224  mathnet  crossref
    3. А. П. Четвериков, К. С. Сергеев, В. Д. Лахно, “Возбуждение мобильных дискретных бризеров в ДНК начальными возмущениями смещений или скоростей нескольких смежных нуклеотидных пар”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 375–384  mathnet  crossref
    4. А. Н. Коршунова, В. Д. Лахно, “Быстрое формирование движущегося поляронного состояния в однородной молекулярной полинуклеотидной цепочке конечной длины”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 231, 22 с.  mathnet  crossref  elib
    5. А. П. Четвериков, К. С. Сергеев, В. Д. Лахно, “Захват и транспорт зарядов в ДНК мобильными дискретными бризерами”, Матем. биология и биоинформ., 13:1 (2018), 1–12  mathnet  crossref
    6. А. Н. Коршунова, В. Д. Лахно, “Особенности движения заряда в однородных молекулярных полинуклеотидных цепочках конечной длины. Быстрое формирование движущегося поляронного состояния”, Матем. биология и биоинформ., 13:2 (2018), 534–550  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:300
    Полный текст:86
    Литература:52
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020