RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2014, том 9, выпуск 2, страницы 563–574 (Mi mbb192)  

Биоинформатика

Промоторные островки в геноме E. coli: сравнительный анализ с АТ-богатыми последовательностями

О. А. Глазуноваa, С. С. Киселевa, К. С. Шавкуновab, А. А. Быковca, В. В. Панюковd, О. Н. Озолиньab

a Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Россия
c Нижегородский государственный университет, биологический факультет, Нижний Новгород, 603950, Россия
d Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

Аннотация: Функциональные свойства промоторных островков генома кишечной палочки, т.е. участков с аномально высокой плотностью сигналов транскрипции, сопоставлены со свойствами геномных областей, аномально обогащённых А/Т-парами. Установлено, что компьютерные выборки участков обоих типов по соответствующим критериям частично перекрываются, а их функциональные свойства во многом похожи. Однако промоторные островки отличаются от АТ-богатых последовательностей большей способностью к синтезу коротких олигонуклеотидов, которые могут быть целевыми продуктами этих необычных участков или побочными продуктами их супрессированного состояния. В островках чаще, чем в АТ-богатых участках и намного чаще, чем в местах расположения обычных промоторов встречаются инвертированные повторы. Так как структурные элементы такого типа обычно являются мишенями для взаимодействия с димерами и тетрамерами регуляторных белков, можно предположить, что инициация транскрипции с островковых промоторов контролируется регуляторными сетями клеток и, следовательно, их короткие РНК-продукты могут быть нужны для нормальной жизнедеятельности бактерий. Об этом, в частности, свидетельствует высокое содержание в клетках кишечной палочки олигонуклеотида, синтез которого с островкового промотора гена yjgL подтвержден экспериментально.

Ключевые слова: промоторные островки, АТ-богатые участки генома, абортивный синтез, нетранслируемые РНК, горизонтальный перенос генов.

Полный текст: PDF файл (665 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 579:252
Материал поступил в редакцию 09.12.2014, опубликован 22.12.2014

Образец цитирования: О. А. Глазунова, С. С. Киселев, К. С. Шавкунов, А. А. Быков, В. В. Панюков, О. Н. Озолинь, “Промоторные островки в геноме E. coli: сравнительный анализ с АТ-богатыми последовательностями”, Матем. биология и биоинформ., 9:2 (2014), 563–574

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GlaKisSha14}
\by О.~А.~Глазунова, С.~С.~Киселев, К.~С.~Шавкунов, А.~А.~Быков, В.~В.~Панюков, О.~Н.~Озолинь
\paper \emph{Промоторные островки} в геноме \emph{E. coli}: сравнительный анализ с~АТ-богатыми последовательностями
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2014
\vol 9
\issue 2
\pages 563--574
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb192}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb192
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v9/i2/p563

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи
  • Просмотров:
    Эта страница:94
    Полный текст:37
    Литература:23

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018