RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2014, том 9, выпуск 2, страницы 585–596 (Mi mbb198)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Математическое моделирование

HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities

[Программный комплекс HEC 2.0 для моделирования эволюции прокариотических сообществ]

S. A. Lashinab, A. I. Klimenkoab, Z. S. Mustafinb, N. A. Kolchanovab, Yu. G. Matushkinb

a Faculty of Natural Science, Novosibirsk State University, Novosibirsk, 630090, Russia
b Department of Systems Biology, Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk, 630090, Russia

Аннотация: Математическое и компьютерное моделирование эволюции и функционирования прокариотических сообществ имеет большое значение для развития фундаментальной науки, медицины, биотехнологий. Ранее нами был разработан программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» (HEC), позволяющий моделировать следующие уровни организации прокариотического сообщества: генетический, метаболический, популяционный и экологический. В данной статье представлена новая версия программы, включающая следующие улучшения: графический интерфейс пользователя, параллельная версия вычислительного ядра, поддержка системы подключаемых модулей (плагинов). Плагины используются для создания пользователем собственных моделей популяционной динамики сообщества или моделей внутриклеточного метаболизма (модели генных сетей). Графический интерфейс позволяет создавать модели, визуализировать результаты моделирования и управлять процессом моделирования. Высокопроизводительные версии программы, реализованные с использованием технология OpenMP и MPI, могут запускаться как на настольных компьютерах, так и на вычислительных кластерах. Программа, документация и примеры моделей доступны на сайте проекта http://evol-constructor.bionet.nsc.ru/. «Гаплоидный эволюционный конструктор» является удобным средством для моделирования эволюции микробных сообществ. Модели сообществ, построенные с помощью программы, могут использоваться для изучения фундаментальных принципов эволюции и взаимосвязей между разными уровнями биологической организации. Программа также может быть использована в образовательных целях для иллюстрации фундаментальных биологических законов.

Ключевые слова: компьютерное моделирование; эволюция бактерий; микробное сообщество.

Полный текст: PDF файл (1069 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 573.22
Материал поступил в редакцию 04.12.2014, опубликован 29.12.2014
Язык публикации: английский

Образец цитирования: S. A. Lashin, A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, N. A. Kolchanov, Yu. G. Matushkin, “HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities”, Матем. биология и биоинформ., 9:2 (2014), 585–596

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{LasKliMus14}
\by S.~A.~Lashin, A.~I.~Klimenko, Z.~S.~Mustafin, N.~A.~Kolchanov, Yu.~G.~Matushkin
\paper HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2014
\vol 9
\issue 2
\pages 585--596
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb198}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb198
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v9/i2/p585

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A., “Bacteriophages Affect Evolution of Bacterial Communities in Spatially Distributed Habitats: a Simulation Study”, BMC Microbiol., 16:1 (2016), 10  crossref  mathscinet  isi  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:85
    Полный текст:18
    Литература:45

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2017