RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2015, том 10, выпуск 1, страницы 193–205 (Mi mbb220)  

Математическое моделирование

О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста

Н. А. Риa, В. А. Лихошвайab, Т. М. Хлебодароваa

a Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, 630090, Россия
b Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, 630090, Россия

Аннотация: Основным ферментом, метаболизирующим нитрит в клетках E. coli при низких концентрациях субстрата в среде, является периплазматическая Nrf нитритредуктаза. Ранее нами была разработана модель утилизации нитрита клетками E. coli при культивировании их в условиях стационарного роста в проточном хемостате, которая учитывала динамику экспрессии nrf и nir оперонов, кодирующих структуру ферментов, метаболизирующих и транспортирующих нитрит. Анализ модели показал, что для описания кинетики накопления нитрита в хемостате в области микромолярных концентраций нитрита требуется введение в модель дополнительного предположения о наличии в клетке более высокого уровня утилизации нитрита, чем это следует из генетических исследований. В настоящей работе мы показали, что существующее противоречие между результатами генетических и физиологических исследований в области низких концентраций нитрита может быть объяснено свойствами Nrf фермента, каталитическая активность и стабильность которого зависят от его локализации в периплазме, а возможность секреции белка в периплазму определяется наличием на мембране электрического потенциала. Анализ модели показал, что при низких концентрациях нитрита локальное изменение концентрации фермента при переходе из цитоплазмы в периплапазматическое пространство клетки под действием мембранного потенциала достаточно для формирования более высокой активности NrfA редуктазы в периплазме, чем это можно было ожидать, исходя из данных по уровню экспрессии nrf оперона.

Ключевые слова: моделирование, регуляция экспрессии генов, Escherichia coli, анаэробное дыхание, нитритредуктазы.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 14-24-00123
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского Научного Фонда (грант № 14-24-00123).


DOI: https://doi.org/10.17537/2015.10.193

Полный текст: PDF файл (527 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 001.575:577.218:579.84:57.017.723
Материал поступил в редакцию 06.04.2015, опубликован 26.05.2015

Образец цитирования: Н. А. Ри, В. А. Лихошвай, Т. М. Хлебодарова, “О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста”, Матем. биология и биоинформ., 10:1 (2015), 193–205

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{RiLikKhl15}
\by Н.~А.~Ри, В.~А.~Лихошвай, Т.~М.~Хлебодарова
\paper О механизмах утилизации нитрита клетками \emph{Escherichia coli} при культивировании их в условиях стационарного роста
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2015
\vol 10
\issue 1
\pages 193--205
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb220}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2015.10.193}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb220
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v10/i1/p193

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:75
    Полный текст:19
    Литература:37

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018