RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2015, том 10, выпуск 1, страницы 245–259 (Mi mbb224)  

Биоинформатика

REP-элементы генома Escherichia coli и сигналы транскрипции: позиционный и функциональный анализ

Н. Ю. Маркеловаab, И. С. Масулисab, О. Н. Озолиньab

a Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, Россия
b Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: В межгенных участках генома кишечной палочки находится 356 участков, содержащих от 1 до 12 повторяющихся последовательностей с вырожденным консенсусом, названных REP-элементами. Их биологическая роль мало понятна, но множественность в геноме, преимущественная локализация между конвергентными генами и способность формировать шпилечные структуры послужили основанием для предположения об участии REP-элементов в терминации транскрипции или стабилизации соответствующих РНК, хотя прямые эксперименты не подтвердили способность модельных REP-элементов останавливать синтез РНК. В данной работе позиционный и функциональный анализ, выполненный для всей совокупности аннотированных REP-элементов, позволил установить факт снижения эффективности сквозного синтеза РНК для многих REP-модулей. Однако часть из них не влияла на процессивность транскрипции, что предполагает возможность регуляторного действия REP-элементов в составе РНК. Были также обнаружены REP-последовательности, после которых синтез РНК усиливался и найдены перекрывающиеся с ними промоторы. Выявлен особый характер расположения REP-элементов относительно промоторных островков, предполагающий вклад повторяющихся модулей в транскрипционную изоляцию островков и их функциональную автономию, а также биологическое значение островковых РНК.

Ключевые слова: структурные элементы бактериального генома, REP-элементы, промоторы, промоторные островки, механизмы регуляции транскрипции.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 14-14-00985
Исследование выполнено за счёт гранта Российского научного фонда (проект №14-14-00985).


DOI: https://doi.org/10.17537/2015.10.245

Полный текст: PDF файл (1069 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 579:252
Материал поступил в редакцию 16.06.2015, опубликован 24.06.2015

Образец цитирования: Н. Ю. Маркелова, И. С. Масулис, О. Н. Озолинь, “REP-элементы генома Escherichia coli и сигналы транскрипции: позиционный и функциональный анализ”, Матем. биология и биоинформ., 10:1 (2015), 245–259

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{MarMasOzo15}
\by Н.~Ю.~Маркелова, И.~С.~Масулис, О.~Н.~Озолинь
\paper REP-элементы генома \emph{Escherichia coli} и сигналы транскрипции: позиционный и функциональный анализ
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2015
\vol 10
\issue 1
\pages 245--259
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb224}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2015.10.245}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb224
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v10/i1/p245

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи
  • Просмотров:
    Эта страница:121
    Полный текст:25
    Литература:43
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020