RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2015, том 10, выпуск 2, страницы 294–308 (Mi mbb227)  

Биоинформатика

Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области oppA-oppB у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК

Н. А. Сухаричеваab, С. С. Киселевa, О. Н. Озолиньab, И. С. Масулисab

a Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Российская Федерация
b Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Российская Федерация

Аннотация: Трансмембранные белки OppB и OppC, составляя остов бактериальных АВС-транспортеров олигопептидов, остаются совершенно не исследованными с точки зрения регуляции экспрессии кодирующих их генов. С помощью универсального алгоритма поиска потенциальных стартов синтеза РНК (PlatPromU) для геномов 13 микроорганизмов из различных таксономических групп исследована возможность транскрипции oppB, инициируемой на промоторах межгенной области oppA-oppB. Выявлены сходные паттерны распределения вероятных сайтов инициации транскрипции у энтеробактерий и необычная по насыщенности потенциальными промоторами межгенная область у Bifidobacterium dentium. Филогенетический анализ и поиск мотивов, гомологичных нуклеотидному контексту промоторного островка свидетельствуют о том, что часть его была привнесена в регуляторную область oppB Bifidobacterium dentium из кодирующей области гена GTNG_2042 эволюционно удалённого вида Geobacillus thermodenitrificans. Эта интеграция могла спровоцировать формирование протяжённого промоторного островка, которое в данном случае было направлено не на ассимиляцию нового гена, а на оптимизацию экспрессии собственного гена oppB Bifidobacterium dentium.

Ключевые слова: бактериальные геномы, ABC-транспортеры, opp-опероны, регуляция экспрессии внутренних генов оперонов, промоторы, промоторные островки, алгоритмы поиска промоторов.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 14-14-00985
Исследование выполнено за счёт гранта Российского научного фонда (проект №14-14-00985).


DOI: https://doi.org/10.17537/2015.10.294

Полный текст: PDF файл (1168 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 579:252
Материал поступил в редакцию 26.06.2015, опубликован 14.07.2015

Образец цитирования: Н. А. Сухаричева, С. С. Киселев, О. Н. Озолинь, И. С. Масулис, “Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области oppA-oppB у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 294–308

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SukKisOzo15}
\by Н.~А.~Сухаричева, С.~С.~Киселев, О.~Н.~Озолинь, И.~С.~Масулис
\paper Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области \emph{oppA-oppB} у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2015
\vol 10
\issue 2
\pages 294--308
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb227}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2015.10.294}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb227
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v10/i2/p294

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:159
    Полный текст:30
    Литература:39
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020