RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2016, том 11, выпуск 1, страницы 24–45 (Mi mbb249)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Биоинформатика

Модель организации кодирования в прокариотических организмах

В. А. Кутыркинa, М. Б. Чалейb

a Московский государственный технический университет им. Н.Э. Баумана, Москва, Россия
b Институт математических проблем биологии РАН, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: На основе спектрально-статистического подхода (2С-подхода) выполнен анализ скрытой периодичности в CDS геномов прокариотических организмов. Показано, что его результаты совпадают с результатами проведённого ранее анализа на скрытую периодичность в CDS геномов эукариотических организмов. Впервые для CDS геномов как низших, так и высших организмов определён тип скрытой триплетной периодичности, гипотеза о существовании которой широко обсуждалась в последние десятилетия. Показано, что CDS геномов характеризуются новым типом скрытой периодичности, названным профильной периодичностью. Для объяснения существования в CDS скрытой (триплетной) профильной периодичности рассматривается стохастическая модель однородной организации кодирования (SHOC-модель) в текстовых строках. Модель объясняет наличие скрытой профильной периодичности и регулярности в последовательностях ДНК. Характерные проявления SHOC-модели демонстрируются в численных экспериментах с бинарно перекодированным литературным текстом.

Ключевые слова: спектрально-статистический подход, скрытая периодичность, профильная периодичность, CDS, SHOC-модель.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 15-07-05783_а
Работа была выполнена при частичной поддержке гранта № 15-07-05783 Российского фонда фундаментальных исследований.


DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.24

Полный текст: PDF файл (2346 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.2:519.23
Материал поступил в редакцию 03.11.2015, 13.01.2016, опубликован 09.03.2016

Образец цитирования: В. А. Кутыркин, М. Б. Чалей, “Модель организации кодирования в прокариотических организмах”, Матем. биология и биоинформ., 11:1 (2016), 24–45

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KutCha16}
\by В.~А.~Кутыркин, М.~Б.~Чалей
\paper Модель организации кодирования в прокариотических организмах
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 1
\pages 24--45
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb249}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.24}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb249
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i1/p24

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Ж. С. Тюлько, В. А. Кутыркин, М. Б. Чалей, “Структурно-статистические свойства геномов флавивирусов”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 343–353  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:119
    Полный текст:31
    Литература:30
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020