Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2016, том 11, выпуск 2, страницы 205–213 (Mi mbb257)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Информационные и вычислительные технологии в биологии и медицине

Интеграция гетерогенных вычислительных инфраструктур для анализа данных геномного секвенирования

В. А. Ауловa, А. А. Климентов, Р. Ю. Машинистовa, А. В. Недолужкоa, А. М. Новиковa, А. А. Пойдаa, И. С. Тертычныйa, А. Б. Теслюкa, Ф. С. Шаркоa

a Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт», Москва, Россия

Аннотация: Недавние достижения технологий в области геномного секвенирования нового поколения (NGS — Next Generation Genome Sequencing) привели к значительному увеличению объема данных, которые должны быть обработаны, проанализированы и доступны заинтересованным исследователям. Это, в свою очередь, привело к повышению требований к вычислительным платформам обработки данных: потребовалось больше оперативной памяти и более мощные процессоры. Для эффективной обработки данных необходимы принципиально новые подходы в организации вычислений. Авторами статьи было проведено исследование возможности применения методов и подходов, используемых в физике высоких энергий, для объединения гетерогенных вычислительных ресурсов в единую вычислительную платформу. Была разработана полномасштабная система управления данными и заданиями на базе вычислительных мощностей Национального исследовательского центра «Курчатовский институт». В разработанную систему был интегрирован рабочий поток для обработки данных геномного секвенирования с использованием пакета PALEOMIX. Результаты апробации разработанной системы на задаче анализа древней ДНК мамонта показали существенное уменьшение общего времени выполнения задачи.

Ключевые слова: распределенные вычисления, суперкомпьютеры, геномное секвенирование.

Финансовая поддержка Номер гранта
Министерство образования и науки Российской Федерации 14.Z50.31.0024
Российский фонд фундаментальных исследований 16-37-00249_мол_а
Данная работа выполнена в рамках мегагранта правительства РФ, контракт No 14.Z50.31.0024, и при частичной финансовой поддержке РФФИ в рамках научного проекта № 16-37-00249.


DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.205

Полный текст: PDF файл (740 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 004.75
Материал поступил в редакцию 15.07.2016, опубликован 21.10.2016

Образец цитирования: В. А. Аулов, А. А. Климентов, Р. Ю. Машинистов, А. В. Недолужко, А. М. Новиков, А. А. Пойда, И. С. Тертычный, А. Б. Теслюк, Ф. С. Шарко, “Интеграция гетерогенных вычислительных инфраструктур для анализа данных геномного секвенирования”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 205–213

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{AulKliMas16}
\by В.~А.~Аулов, А.~А.~Климентов, Р.~Ю.~Машинистов, А.~В.~Недолужко, А.~М.~Новиков, А.~А.~Пойда, И.~С.~Тертычный, А.~Б.~Теслюк, Ф.~С.~Шарко
\paper Интеграция гетерогенных вычислительных инфраструктур для~анализа данных геномного секвенирования
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 205--213
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb257}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.205}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb257
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p205

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Klimentov A.A., “Exascale Data Processing in Heterogeneous Distributed Computing Infrastructure For Applications in High Energy Physics”, Phys. Part. Nuclei, 51:6 (2020), 995–1068  crossref  isi  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:4766
    Полный текст:59
    Литература:22
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2022