Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2016, том 11, выпуск 2, страницы 159–169 (Mi mbb260)  

Биоинформатика

Структура петлевых участков в $\beta-\alpha$- и $\alpha-\beta$-дугах abCd-единиц в глобулярных белках

Е. В. Бражников, А. М. Каргатов, А. В. Ефимов

Институт белка РАН, Пущино, Московская область, ул. Институтская, д. 4

Аннотация: Проведен анализ конформаций около 600 петлевых участков (перетяжек) в $\beta-\alpha$- и $\alpha-\beta$-дугах, принадлежащих одному из структурных мотивов, часто встречающемуся в белках, abCd-единице. Всего в негомологичных белках отобрано 258 abCd-единиц с «обратным» ходом полипептидной цепи (236 PDB-файлов) и 69 abCd-единиц с «прямым» ходом (65 PDB-файлов). Исследованы четыре типа дуг: $\beta-\alpha$- и $\alpha-\beta$-дуги при «прямом» ходе цепи; $\beta-\alpha$- и $\alpha-\beta$-дуги при «обратном» ходе цепи. Для каждого типа дуг определены частоты встречаемости перетяжек разной длины и построены соответствующие гистограммы. Установлено, что наибольшую встречаемость имеют дуги длиной до трех аминокислотных остатков (57%). $\beta-\alpha$-Дуги из abCd-единиц с «прямым» ходом цепи чаще других состоят из двух аминокислотных остатков (44%), которые в 86% случаев имеют конформацию $\beta_m\mathbf{\alpha\beta}\alpha_n$. В них нет глицинов и пролинов, а в позиции $\mathbf{\beta}$ часто встречается аспарагин. В этом типе дуг в перетяжках из одного остатка с конформациями $\beta_m\mathbf{\varepsilon}\alpha_n$ или $\beta_m\mathbf{\alpha_L}\alpha_n$ чаще других встречаются глицины. В $\alpha-\beta$-дугах с «прямым» ходом цепи чаще других (18%) встречаются перетяжки из четырех аминокислотных остатков. Здесь нет преимущественной конформации перетяжек. В $\beta-\alpha$-дугах с «обратным» ходом цепи чаще других (17%) встречаются перетяжки из семи аминокислотных остатков, и большинство из них (88%) имеют конформацию $\beta_m\mathbf{\alpha_L\beta\beta\alpha\alpha\beta\beta}\alpha_n$. В $\alpha-\beta$-дугах с «обратным» ходом цепи чаще других (32%) встречаются перетяжки из одного аминокислотного остатка (все глицины) с конформацией дуг $\alpha_m\mathbf{\varepsilon}\beta_n$ или $\alpha_m\mathbf{\alpha_L}\beta_n$. Проведенный в данной работе структурный анализ abCd-единицы содержит полезную информацию для предсказания пространственной структуры белков, а также для молекулярного моделирования белковых структур de novo.

Ключевые слова: структура белков, конформационный анализ, $\alpha-\beta$-дуги, $\beta-\alpha$-дуги, abCd-единица, глицин, пролин.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 13-04-00150_а
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований, грант РФФИ № 13-04-00150.


DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.159

Полный текст: PDF файл (804 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
Материал поступил в редакцию 06.06.2016, опубликован 18.07.2016

Образец цитирования: Е. В. Бражников, А. М. Каргатов, А. В. Ефимов, “Структура петлевых участков в $\beta-\alpha$- и $\alpha-\beta$-дугах abCd-единиц в глобулярных белках”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 159–169

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{BraKarEfi16}
\by Е.~В.~Бражников, А.~М.~Каргатов, А.~В.~Ефимов
\paper Структура петлевых участков в $\beta-\alpha$- и $\alpha-\beta$-дугах abCd-единиц в~глобулярных белках
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 159--169
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb260}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.159}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb260
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p159

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:111
    Полный текст:16
    Литература:15
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2022