Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2016, том 11, выпуск 2, страницы 311–322 (Mi mbb261)  

Биоинформатика

Белок бактериального нуклеоида Dps связывается со структурированными РНК

А. А. Быковab, К. С. Шавкуновac, В. В. Панюковdc, О. Н. Озолиньac

a Институт биофизики клетки РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, Россия
c Пущинский научный центр РАН, Пущино, Московская область, Россия
d Институт математических проблем биологии РАН — филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: Для взаимодействия с сахаро-фосфатным остовом ДНК архитектурный белок бактериального нуклеоида Dps использует боковые группы лизинов, расположенные на его N-концевых модулях. Электростатический характер взаимодействия предполагает способность Dps связываться с любой нуклеотидной последовательностью, в том числе с РНК. Имеющиеся данные указывают также на то, что Dps имеет повышенное сродство к разветвлённым структурам в ДНК. В РНК такие структуры формируются гораздо чаще, чем в ДНК. Поэтому в работе исследована способность очищенного и иммобилизованного на акрилатных сферах белка Dps связываться с изолированными из бактериальных клеток короткими РНК и установлено, что предпочтительными мишенями для взаимодействия являются транспортные и малые регуляторные РНК, формирующие стабильные вторичные структуры. Среди РНК, обнаруженных в комплексе с Dps, оказалось 8 транскриптов, соответствующих межгенным пространствам, что может свидетельствовать о наличии в них новых генов. Кроме этого, были зарегистрированы продукты длиной 9–13 нуклеотидов, принадлежащие малым нетранслируемым РНК SdsR и RyeA, транскрибируемым по обеим нитям из одного геномного локуса. Так как число более длинных транскриптов из этой области оказалось, по крайней мере, в пять раз меньшим, можно предположить, что два встречных продукта формируют частично комплементарный дуплекс, подвергающийся контролируемому процессингу. Избирательность Dps к этим молекулам, также как к другим структурированным РНК, указывает на возможность его участия не только в конденсации бактериального генома, но и в поддержании функционального состояния клеточного транскриптома.

Ключевые слова: Dps, комплексы Dps-РНК, pull-down assay, RNA-seq.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 14-14-00985
Работа выполнялась при финансовой поддержке Российского научного фонда (грант № 14-14-00985, ОНО, АСБ, КСШ).


DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.311

Полный текст: PDF файл (777 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.21
Материал поступил в редакцию 24.11.2016, опубликован 30.11.2016

Образец цитирования: А. А. Быков, К. С. Шавкунов, В. В. Панюков, О. Н. Озолинь, “Белок бактериального нуклеоида Dps связывается со структурированными РНК”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 311–322

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{BykShaPan16}
\by А.~А.~Быков, К.~С.~Шавкунов, В.~В.~Панюков, О.~Н.~Озолинь
\paper Белок бактериального нуклеоида Dps связывается со~структурированными РНК
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 311--322
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb261}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.311}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb261
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p311

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи
  • Просмотров:
    Эта страница:195
    Полный текст:101
    Литература:17
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2022