Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2016, том 11, выпуск 2, страницы 406–425 (Mi mbb269)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Биоинформатика

Математические проблемы организации метаболических путей из биохимических реакций

И. Г. Минкевич

Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН, просп. Науки, д. 5, 142290 г. Пущино, Московская обл., Россия

Аннотация: Рассматривается задача построения метаболических путей из биохимических реакций. Для заданной пары «основной субстрат – основной продукт» требуется выбрать реакции, осуществляющие это преобразование, и определить все сопутствующие субстраты и продукты. Задача формулируется на основе системы стехиометрических уравнений для скоростей реакций. Математические проблемы связаны с тем, что 1) ряд правых частей изначально неизвестен, 2) та часть системы, правые части которой известны, имеет меньше уравнений, чем неизвестных и 3) существование необратимых реакций накладывает ограничения на знаки соответствующих скоростей в виде неравенств. Изложен подход, позволяющий решить эти проблемы. Обнаружено, что многие ограничения отображаются как серии параллельных гиперплоскостей в пространстве переменных. Это позволяет исключить из рассмотрения многие ограничения и обнаружить большое число фиксированных переменных, значения которых определяются еще до нахождения полного решения. Поиск излишних ограничений и фиксированных переменных имеет вид специфических итераций, благодаря которым задача существенно упрощается. Даны примеры применения этого подхода и показана его эффективность.

Ключевые слова: метаболические пути, биохимические реакции, стехиометрия, системы линейных уравнений, неравенства, итерации.

DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.406

Полный текст: PDF файл (795 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 519.8
Материал поступил в редакцию 02.11.2016, опубликован 21.12.2016

Образец цитирования: И. Г. Минкевич, “Математические проблемы организации метаболических путей из биохимических реакций”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 406–425

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{Min16}
\by И.~Г.~Минкевич
\paper Математические проблемы организации метаболических путей из~биохимических реакций
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 406--425
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb269}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.406}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb269
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p406

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Р. П. Тренкеншу, А. С. Лелеков, “Моделирование динамики азотистых соединений в клетках микроводорослей. 1. Накопительная культура”, Матем. биология и биоинформ., 13:2 (2018), 348–359  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:160
    Полный текст:55
    Литература:21
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021