Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2016, том 11, выпуск 2, страницы 336–350 (Mi mbb275)  

Биоинформатика

Применение числовой характеристики строя нуклеотидов в геномах прокариот для реклассификации внутри рода Rickettsia

С. Н. Шпыновa, А. С. Гуменюкb, Н. Н. Поздниченкоb

a ФНИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи МЗ РФ, Москва
b ОмГТУ, Омск, Россия

Аннотация: С целью разработки нового подхода для классификации прокариот геномы представителей семейства Rickettsiaceae были проанализированы с помощью формального анализа строя информационной цепи. Для сравнения геномов использовалась такая числовая характеристика строя, как средняя удалённость. Формальный анализ строя позволяет непосредственно учитывать расположение нуклеотидов в каждой последовательности. Полученные результаты позволили уточнить ранее известную классификацию, выделить внутри рода Rickettsia группу Rickettsia felis располагающуюся между «предковой» группой и группой клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ), и группу R. akari на границе между группой КПЛ и родом Orientia. Программное обеспечение для анализа нуклеотидных последовательностей с помощью формального анализа строя находится в свободном доступе по адресу: http://foarlab.org.

Ключевые слова: Rickettsia, классификация, таксономия, геном, формальный анализ строя, средняя удалённость, межнуклеотидное расстояние.

DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.336

Полный текст: PDF файл (866 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 004.942
Материал поступил в редакцию 03.08.2016, опубликован 05.12.2016

Образец цитирования: С. Н. Шпынов, А. С. Гуменюк, Н. Н. Поздниченко, “Применение числовой характеристики строя нуклеотидов в геномах прокариот для реклассификации внутри рода Rickettsia”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 336–350

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ShpGumPoz16}
\by С.~Н.~Шпынов, А.~С.~Гуменюк, Н.~Н.~Поздниченко
\paper Применение числовой характеристики строя нуклеотидов в геномах прокариот для реклассификации внутри рода \emph{Rickettsia}
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 336--350
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb275}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.336}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb275
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p336

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:127
    Полный текст:27
    Литература:14
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2022