RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск 1, страницы 83–101 (Mi mbb282)  

Эта публикация цитируется в 3 научных статьях (всего в 3 статьях)

Биоинформатика

Исследование межспиральных углов в структурных мотивах, образованных двумя спиралями

Д. А. Тихоновa, Л. И. Куликоваa, А. В. Ефимовb

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: В данной работе проведен анализ распределения межспиральных углов в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Были разработаны правила отбора спиральных пар в структурах белковых молекул из Protein Data Bank. Полученное множество спиральных пар было проанализировано с целью его классификации и установления закономерностей структурной организации. По критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей, полученное множество было разбито на три подмножества. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечения проекций спиралей, охватывает практически весь диапазон углов с одним максимумом в области прямого угла. Большинство пар этого множества составляют спиральные пары, состоящие из $\alpha$- и $3_{10}$-спиралей, а множества с пересечением только проекций спиралей — спиральные пары, образованные двумя $\alpha$-спиралями. Также показано, что образованные двумя $\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар множества с пересечением проекций и осей спиралей. При этом значительная часть указанных пар имеет острый угол ($20^\circ \leqslant\varphi \leqslant 60^\circ$) между осями спиралей. Проведен анализ распределения всех типов спиральных пар, принадлежащих различным множествам, в зависимости от длины перетяжки. Показано, что во всех множествах больше всего исследуемых структур с короткой перетяжкой.

Ключевые слова: структурные мотивы белков, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, угол между осями спиралей.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-01-00692_а
Работа выполнена при частичной поддержке гранта РФФИ № 16-01-00692.


DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.83

Полный текст: PDF файл (1334 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 519
Материал поступил в редакцию 22.11.2016, опубликован 20.02.2017

Образец цитирования: Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Исследование межспиральных углов в структурных мотивах, образованных двумя спиралями”, Матем. биология и биоинформ., 12:1 (2017), 83–101

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TikKulEfi17}
\by Д.~А.~Тихонов, Л.~И.~Куликова, А.~В.~Ефимов
\paper Исследование межспиральных углов в структурных мотивах, образованных двумя спиралями
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 1
\pages 83--101
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb282}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.83}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb282
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i1/p83

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 398–410  mathnet  crossref
    2. Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ площадей и периметров полигонов пересечения проекций спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 059, 24 с.  mathnet  crossref
    3. В. Р. Руднев, Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, М. Ю. Губин, А. В. Ефимов, “База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 185, 16 с.  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:38
    Полный текст:6
    Литература:4

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019