Слайдинг и вариабельность длины интронов для генов, обогащенных длинными интронами фазы 1

В связи с высоким уровнем мутагенеза в последовательности интрона, эволюцию интронов обычно рассматривают только в рамках эволюции экзон-интронной структуры гена в целом. Смещение границ интрона на небольшое расстояние (редкое эволюционное событие, называемое слайдингом) может привести к смене фазы интрона. Проведен анализ экзон-интронной структуры эукариотических генов в целях выявить предпочтительный выбор фазы интрона во время слайдинга и изучить зависимость между длинами ортологичных интронов. Для определения ортологичных интронов мы построили соответствующие выравнивания экзон-интронных структур. Анализ полученных выравниваний выявил несколько событий слайдинга со смещением фазы, однако результаты не подтвердили нашу первоначальную гипотезу, что в процессе слайдинга интроны предпочитают менять свою фазу на наиболее часто встречающуюся фазу $0$. Для окончательных выводов, тем не менее, необходимо провести поиск случаев изменения фазы на большей выборке генов. Несмотря на общеизвестную высокую вариабельность длины интрона, в некоторых таксономических группах значения длины схожи. Более того, можно увидеть некоторую консервативность, если вместо длины интрона $L$ рассматривать нормализованную длину $N = (L-A)/A$, где $A$ — это средняя длина по группе ортологичных интронов. Например, для гена ptprd в случае птиц ($28$ видов) нормализованная длина находится в интервале $(-0.15; 0.15)$ для $85.2 %$ интронов, что существенно выше значения для случайной выборки длин в соответствии с распределением длин интронов. Такая консервативность длины ведет нас к вопросу о длине древних интронов.