RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск 2, страницы 302–316 (Mi mbb295)  

Биоинформатика

Слайдинг и вариабельность длины интронов для генов, обогащенных длинными интронами фазы 1

И. В. Повереннаяab, Д. Д. Горевc, Т. В. Астаховаd, И. И. Цитовичce, В. В. Яковлевfd, М. А. Ройтбергcdf

a Факультет биоинженерии и биоинформатики, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Москва
b Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, Москва
c Московский физико-технический институт, Москва
d Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино
e Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, Москва
f Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», Москва

Аннотация: В связи с высоким уровнем мутагенеза в последовательности интрона, эволюцию интронов обычно рассматривают только в рамках эволюции экзон-интронной структуры гена в целом. Смещение границ интрона на небольшое расстояние (редкое эволюционное событие, называемое слайдингом) может привести к смене фазы интрона. Проведен анализ экзон-интронной структуры эукариотических генов в целях выявить предпочтительный выбор фазы интрона во время слайдинга и изучить зависимость между длинами ортологичных интронов. Для определения ортологичных интронов мы построили соответствующие выравнивания экзон-интронных структур. Анализ полученных выравниваний выявил несколько событий слайдинга со смещением фазы, однако результаты не подтвердили нашу первоначальную гипотезу, что в процессе слайдинга интроны предпочитают менять свою фазу на наиболее часто встречающуюся фазу $0$. Для окончательных выводов, тем не менее, необходимо провести поиск случаев изменения фазы на большей выборке генов. Несмотря на общеизвестную высокую вариабельность длины интрона, в некоторых таксономических группах значения длины схожи. Более того, можно увидеть некоторую консервативность, если вместо длины интрона $L$ рассматривать нормализованную длину $N = (L-A)/A$, где $A$ — это средняя длина по группе ортологичных интронов. Например, для гена ptprd в случае птиц ($28$ видов) нормализованная длина находится в интервале $(-0.15; 0.15)$ для $85.2 %$ интронов, что существенно выше значения для случайной выборки длин в соответствии с распределением длин интронов. Такая консервативность длины ведет нас к вопросу о длине древних интронов.

Ключевые слова: интрон, фаза, выравнивание, слайдинг, консервативность.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-04-01640_а
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (грант № 16-04-01640).


DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.302

Полный текст: PDF файл (1072 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.21
Материал поступил в редакцию 07.08.2017, опубликован 19.09.2017

Образец цитирования: И. В. Поверенная, Д. Д. Горев, Т. В. Астахова, И. И. Цитович, В. В. Яковлев, М. А. Ройтберг, “Слайдинг и вариабельность длины интронов для генов, обогащенных длинными интронами фазы 1”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 302–316

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{PovGorAst17}
\by И.~В.~Поверенная, Д.~Д.~Горев, Т.~В.~Астахова, И.~И.~Цитович, В.~В.~Яковлев, М.~А.~Ройтберг
\paper Слайдинг и вариабельность длины интронов для генов, обогащенных длинными интронами фазы~1
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 2
\pages 302--316
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb295}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.302}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb295
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p302

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:134
    Полный текст:68
    Литература:12
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021