RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск 2, страницы 398–410 (Mi mbb302)  

Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)

Биоинформатика

Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул

Д. А. Тихоновab, Л. И. Куликоваa, А. В. Ефимовc

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Московская область, Россия
c Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области $0^\circ$ и $180^\circ$. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из $\alpha$- и $3_{10}$-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя $\alpha$-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области $20^\circ$$25^\circ$. Образованные двумя $\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от $-50^\circ$ до $-25^\circ$), в области положительных значений углов (от $20^\circ$ до $25^\circ$) и в области прямого угла (от $70^\circ$ до $110^\circ$).

Ключевые слова: структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-01-00692_а
Исследование выполнено при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (проект № 16-01-00692).


DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.398

Полный текст: PDF файл (894 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 519
Материал поступил в редакцию 19.09.2017, опубликован 27.11.2017

Образец цитирования: Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 398–410

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TikKulEfi17}
\by Д.~А.~Тихонов, Л.~И.~Куликова, А.~В.~Ефимов
\paper Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 2
\pages 398--410
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb302}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.398}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb302
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p398

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ площадей и периметров полигонов пересечения проекций спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 059, 24 с.  mathnet  crossref
    2. В. Р. Руднев, Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, М. Ю. Губин, А. В. Ефимов, “База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 185, 16 с.  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:33
    Полный текст:7
    Литература:4

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019