RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск 2, страницы 446–456 (Mi mbb305)  

Биоинформатика

Эргономичный способ оптимизации первичной структуры пептидного лиганда

А. В. Данилковичab, Д. А. Тихоновcd, В. И. Туробовa, И. П. Удовиченкоab

a Филиал института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, Пущино, Россия
b Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Россия
c Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
d Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Россия

Аннотация: Для поиска энергетически выгодных вариантов структуры пептидного лиганда, образующего комплекс с белками главного комплекса гистосовместимости и Т-клеточным рецептором (SwissProt ID: 2Z31), проведено сравнение энергии связывания гексамеров, являющихся фрагментами структуры нативного лиганда. Для формирования набора исследуемых гексамеров использовался метод Тагучи. Всего было построено 53 варианта структуры комплекса, которые исследовались с использованием метода молекулярной динамики. Расчеты были проведены как для полных комплексов, так и для свободных структур — рецепторов и лигандов. На основании полученных молекулярных траекторий, с использованием обобщенного метода Борна, рассчитывались и усреднялись величины свободной энергии структур. Использование метода Тагучи для анализа последовательности пептидного гексамера позволило определить прототипы лиганда, структуры которых имеют более высокую энергию связывания с рецептором по сравнению с фрагментом исходного лиганда SQYRPS. Примененный подход существенно сократил время эксперимента, требуемое для успешной оптимизации первичной структуры пептидного лиганда.

Ключевые слова: метод Тагучи, оптимизация структуры, энергия Гиббса, пространственная модель, молекулярная динамика.

Финансовая поддержка Номер гранта
Министерство образования и науки Российской Федерации 14.607.21.0133 (RFMEFI60715X0133)
Работа поддержана грантом Министерства образования и науки Российской Федерации, Соглашение №14.607.21.0133 (RFMEFI60715X0133).


DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.446

Полный текст: PDF файл (634 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 51-76, 519.252
Материал поступил в редакцию 20.11.2017, опубликован 01.12.2017

Образец цитирования: А. В. Данилкович, Д. А. Тихонов, В. И. Туробов, И. П. Удовиченко, “Эргономичный способ оптимизации первичной структуры пептидного лиганда”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 446–456

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{DanTikTur17}
\by А.~В.~Данилкович, Д.~А.~Тихонов, В.~И.~Туробов, И.~П.~Удовиченко
\paper Эргономичный способ оптимизации первичной структуры пептидного лиганда
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 2
\pages 446--456
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb305}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.446}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb305
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p446

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:47
    Полный текст:8
    Литература:4

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019