Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск 2, страницы 521–535 (Mi mbb310)  

Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)

Математическое моделирование

Использование связных масок в задаче восстановления изображения изолированной частицы по данным рентгеновского рассеяния. III. Стратегии отбора решений по результатам максимизации правдоподобия

Н. Л. Лунинаa, Т. Е. Петроваa, А. Г. Уржумцевbc, В. Ю. Лунинa

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В.Келдыша РАН, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Лорренский университет, Вандевр-ле-Нанси, 54506, Франция
c Институт генетики и молекулярной и клеточной биологии, 67404 Илькирш, Франция

Аннотация: Основное экспериментальное ограничение биологической кристаллографии связано с необходимостью приготовления исследуемого объекта в виде монокристалла. Ввод в эксплуатацию новых мощных источников рентгеновского излучения — рентгеновских лазеров на свободных электронах — позволяет ставить вопрос о практическом определении структуры изолированных биологических макромолекул и их комплексов. Дополнительным преимуществом работы с изолированными частицами является возможность получения информации о рассеянии во всех направлениях, а не только направлениях, ограниченных условиями дифракции Лауэ–Брэгга. Это существенно облегчает решение фазовой проблемы рентгеноструктурного анализа — определения значений фаз структурных факторов, недоступных для измерения в эксперименте. Данная работа посвящена двум направлениям развития предложенного ранее авторами метода решения фазовой проблемы, основанного на случайном сканировании конфигурационного пространства потенциальных решений фазовой проблемы. В работе предложен новый тип критерия отбора в процессе сканирования кандидатов на решение фазовой проблемы, включающий максимизацию статистического правдоподобия, и показана (в тестовых расчетах) его эффективность. Второе направление связано с выбором оптимальной стратегии сканирования. Показано, что в данном подходе постепенное расширение используемого в работе набора экспериментальных данных позволяет получать решения более высокого качества, нежели при одновременном включении в работу всех имеющихся данных. Такое расширение может осуществляться в неявном виде использованием в работе синтезов Фурье электронной плотности, взвешенных показателями достоверности имеющихся значений фаз.

Ключевые слова: рентгеновская кристаллография, фазовая проблема, XFEL, рассеяние изолированной частицей.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-04-01037_а
Agence Nationale de la Recherche ANR-10-INBS-05
Работа была поддержана грантом РФФИ 16-04-01037а. Работа А.Г. Уржумцева была поддержана ресурсами FRISBI (Французской инфраструктуры Интегральной структурной биологии, ANR-10-INBS-05) и Instruct-ERIC.


DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.521

Полный текст: PDF файл (1073 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.3
Материал поступил в редакцию 29.11.2017, опубликован 13.12.2017

Образец цитирования: Н. Л. Лунина, Т. Е. Петрова, А. Г. Уржумцев, В. Ю. Лунин, “Использование связных масок в задаче восстановления изображения изолированной частицы по данным рентгеновского рассеяния. III. Стратегии отбора решений по результатам максимизации правдоподобия”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 521–535

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{LunPetUrz17}
\by Н.~Л.~Лунина, Т.~Е.~Петрова, А.~Г.~Уржумцев, В.~Ю.~Лунин
\paper Использование связных масок в задаче восстановления изображения изолированной частицы по данным рентгеновского рассеяния. III.~Стратегии отбора решений по результатам максимизации правдоподобия
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 2
\pages 521--535
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb310}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.521}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb310
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p521

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Цикл статей Перевод статьи

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. В. Ю. Лунин, Н. Л. Лунина, Т. Е. Петрова, “Исследование одиночных частиц дифракционными методами: кристаллографический подход”, Матем. биология и биоинформ., 14, Suppl. (2019), 44–61  mathnet  crossref
    2. Т. Е. Петрова, В. Ю. Лунин, “Определение структуры биологических макромолекулярных частиц с использованием рентгеновских лазеров. Достижения и перспективы”, Матем. биология и биоинформ., 15:2 (2020), 195–234  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:102
    Полный текст:19
    Литература:12
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021