|
Переводы опубликованных статей
Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules
[Белок бактериального нуклеоида Dps связывается со структурированными РНК]
A. A. Bykovab, K. S. Shavkunovac, V. V. Panyukovdc, O. N. Ozolineac a 1142290, Institute of Cell Biophysics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
b 2142290, Pushchino State Institute of Natural Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
c 142290, Pushchino Scientific Center of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
d 142290, Institute of Mathematical Problems of Biology — the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
Аннотация:
Для взаимодействия с сахаро-фосфатным остовом ДНК архитектурный белок бактериального нуклеоида Dps использует боковые группы лизинов, расположенные на его N-концевых модулях. Электростатический характер взаимодействия предполагает способность Dps связываться с любой нуклеотидной последовательностью, в том числе с РНК. Имеющиеся данные указывают также на то, что Dps имеет повышенное сродство к разветвлённым структурам в ДНК. В РНК такие структуры формируются гораздо чаще, чем в ДНК. Поэтому в работе исследована способность очищенного и иммобилизованного на акрилатных сферах белка Dps связываться с изолированными из бактериальных клеток короткими РНК и установлено, что предпочтительными мишенями для взаимодействия являются транспортные и малые регуляторные РНК, формирующие стабильные вторичные структуры. Среди РНК, обнаруженных в комплексе с Dps, оказалось 8 транскриптов, соответствующих межгенным пространствам, что может свидетельствовать о наличии в них новых генов. Кроме этого, были зарегистрированы продукты длиной 9–13 нуклеотидов, принадлежащие малым нетранслируемым РНК SdsR и RyeA, транскрибируемым по обеим нитям из одного геномного локуса. Так как число более длинных транскриптов из этой области оказалось, по крайней мере, в пять раз меньшим, можно предположить, что два встречных продукта формируют частично комплементарный дуплекс, подвергающийся контролируемому процессингу. Избирательность Dps к этим молекулам, также как к другим структурированным РНК, указывает на возможность его участия не только в конденсации бактериального генома, но и в поддержании функционального состояния клеточного транскриптома.
Ключевые слова:
Dps, комплексы Dps-РНК, pull-down assay, RNA-seq.
Финансовая поддержка |
Номер гранта |
Российский научный фонд  |
14-14-00985 |
The study was supported by the Russian Science Foundation (grant № 14-14-00985, ONO, AAB, KSS). |
DOI:
https://doi.org/10.17537/2017.12.t1
Полный текст:
PDF файл (526 kB)
Список литературы:
PDF файл
HTML файл
Тип публикации:
Статья
УДК:
577.21 Материал поступил в редакцию 19.01.2017, опубликован 24.01.2017
Язык публикации: английский
Образец цитирования:
A. A. Bykov, K. S. Shavkunov, V. V. Panyukov, O. N. Ozoline, “Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules”, Матем. биология и биоинформ., 12, Suppl. (2017), t1–t11
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{BykShaPan17}
\by A.~A.~Bykov, K.~S.~Shavkunov, V.~V.~Panyukov, O.~N.~Ozoline
\paper Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\pages t1--t11
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb314}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.t1}
Образцы ссылок на эту страницу:
http://mi.mathnet.ru/mbb314 http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i3/p1
Citing articles on Google Scholar:
Russian citations,
English citations
Related articles on Google Scholar:
Russian articles,
English articles
Перевод статьи
|
Просмотров: |
Эта страница: | 66 | Полный текст: | 13 | Литература: | 10 |
|