RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2017, том 12, выпуск Suppl., страницы t1–t11 (Mi mbb314)  

Переводы опубликованных статей

Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules

[Белок бактериального нуклеоида Dps связывается со структурированными РНК]

A. A. Bykovab, K. S. Shavkunovac, V. V. Panyukovdc, O. N. Ozolineac

a 1142290, Institute of Cell Biophysics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
b 2142290, Pushchino State Institute of Natural Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
c 142290, Pushchino Scientific Center of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
d 142290, Institute of Mathematical Problems of Biology — the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia

Аннотация: Для взаимодействия с сахаро-фосфатным остовом ДНК архитектурный белок бактериального нуклеоида Dps использует боковые группы лизинов, расположенные на его N-концевых модулях. Электростатический характер взаимодействия предполагает способность Dps связываться с любой нуклеотидной последовательностью, в том числе с РНК. Имеющиеся данные указывают также на то, что Dps имеет повышенное сродство к разветвлённым структурам в ДНК. В РНК такие структуры формируются гораздо чаще, чем в ДНК. Поэтому в работе исследована способность очищенного и иммобилизованного на акрилатных сферах белка Dps связываться с изолированными из бактериальных клеток короткими РНК и установлено, что предпочтительными мишенями для взаимодействия являются транспортные и малые регуляторные РНК, формирующие стабильные вторичные структуры. Среди РНК, обнаруженных в комплексе с Dps, оказалось 8 транскриптов, соответствующих межгенным пространствам, что может свидетельствовать о наличии в них новых генов. Кроме этого, были зарегистрированы продукты длиной 9–13 нуклеотидов, принадлежащие малым нетранслируемым РНК SdsR и RyeA, транскрибируемым по обеим нитям из одного геномного локуса. Так как число более длинных транскриптов из этой области оказалось, по крайней мере, в пять раз меньшим, можно предположить, что два встречных продукта формируют частично комплементарный дуплекс, подвергающийся контролируемому процессингу. Избирательность Dps к этим молекулам, также как к другим структурированным РНК, указывает на возможность его участия не только в конденсации бактериального генома, но и в поддержании функционального состояния клеточного транскриптома.

Ключевые слова: Dps, комплексы Dps-РНК, pull-down assay, RNA-seq.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 14-14-00985
The study was supported by the Russian Science Foundation (grant № 14-14-00985, ONO, AAB, KSS).


DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.t1

Полный текст: PDF файл (526 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.21
Материал поступил в редакцию 19.01.2017, опубликован 24.01.2017
Язык публикации: английский

Образец цитирования: A. A. Bykov, K. S. Shavkunov, V. V. Panyukov, O. N. Ozoline, “Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules”, Матем. биология и биоинформ., 12, Suppl. (2017), t1–t11

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{BykShaPan17}
\by A.~A.~Bykov, K.~S.~Shavkunov, V.~V.~Panyukov, O.~N.~Ozoline
\paper Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\pages t1--t11
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb314}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.t1}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb314
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i3/p1

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи
  • Просмотров:
    Эта страница:27
    Полный текст:6
    Литература:8

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018