Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2018, том 13, выпуск 1, страницы 169–186 (Mi mbb332)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Математическое моделирование

Исследование фотоизомеризации хромофора родопсина на основе квантово-классической модели

А. С. Шигаевa, Т. Б. Фельдманb, В. А. Надточенкоc, М. А. Островскийb, В. Д. Лахноa

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
b Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля РАН, Москва, Россия
c Институт химической физики им. Н.Н. Семенова РАН, Москва, Россия

Аннотация: Квантово-классическая модель цис-транс фотоизомеризации родопсинового хромофора (ретиналя) исследована в широких диапазонах параметров. Квантовая подсистема модели включает три электронных состояния родопсина: основное состояние, возбуждённое состояние и основное состояние первичного фотопродукта. В качестве важнейшей контрольной величины использована локальная температура точечных масс классической подсистемы модели. Обнаружено, что наиболее близкое соответствие поведения модели многочисленным экспериментальным данным наблюдается в диапазоне умеренных температур, согласующихся с данными Рамановской спектроскопии. Показана важная роль быстрой передачи избыточной энергии фотовозбуждения в апоферментную часть белка в стабилизации первичного фотопродукта. Путём численных исследований модели доказан элементарный характер фотоизомеризации хромофора и узкая локализация смещений атомных групп ретиналя.

Ключевые слова: родопсин, ретиналь, хромофор, цис-транс фотоизомеризация, квантово-классическая модель.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-07-00305_а
17-00-00166_Комфи
Российский научный фонд 16-11-10163
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (проекты 16-07-00305-а и 17-00-00166-КОМФИ), Российского научного фонда (проект 16-11-10163), а также Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Наноструктуры: физика, химия, биология, основы технологий».


DOI: https://doi.org/10.17537/2018.13.169

Полный текст: PDF файл (721 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.354.2, 538.9
Материал поступил в редакцию 30.03.2018, опубликован 25.05.2018

Образец цитирования: А. С. Шигаев, Т. Б. Фельдман, В. А. Надточенко, М. А. Островский, В. Д. Лахно, “Исследование фотоизомеризации хромофора родопсина на основе квантово-классической модели”, Матем. биология и биоинформ., 13:1 (2018), 169–186

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ShiFelNad18}
\by А.~С.~Шигаев, Т.~Б.~Фельдман, В.~А.~Надточенко, М.~А.~Островский, В.~Д.~Лахно
\paper Исследование фотоизомеризации хромофора родопсина на основе квантово-классической модели
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2018
\vol 13
\issue 1
\pages 169--186
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb332}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2018.13.169
}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb332
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v13/i1/p169

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Shigaev A.S., Feldman T.B., Nadtochenko V.A., Ostrovsky M.A., Lakhno V.D., “Quantum-Classical Model of the Rhodopsin Retinal Chromophore Cis-Trans Photoisomerization With Modified Inter-Subsystem Coupling”, Comput. Theor. Chem., 1181 (2020), 112831  crossref  isi  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:108
    Полный текст:32
    Литература:8
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021