Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2018, том 13, выпуск Suppl., страницы t70–t83 (Mi mbb364)  

Переводы опубликованных статей

The use of connected masks for reconstructing the single particle image from X-ray diffraction data. III. Maximum-likelihood based strategies to select solution of the phase problem

[Использование связных масок в задаче восстановления изображения изолированной частицы по данным рентгеновского рассеяния. III. Стратегии отбора решений по результатам максимизации правдоподобия]

N. L. Luninaa, T. E. Petrovaa, A. G. Urzhumtsevbc, V. Y. Lunina

a Institute of Mathematical Problems of Biology RAS, Keldysh Institute of Applied Mathematics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow Region, 142290 Russia
b Département de Physique, Faculté des Sciences et des Technologies, Université de Lorraine, 54506 Vandoeuvre-l s-Nancy, France
c Centre for Integrative Biology, IGBMC, CNRS–INSERM–UdS, 1 rue Laurent Fries, BP 10142, Illkirch, 67404, France

Аннотация: Основное экспериментальное ограничение биологической кристаллографии связано с необходимостью приготовления исследуемого объекта в виде монокристалла. Ввод в эксплуатацию новых мощных источников рентгеновского излучения — рентгеновских лазеров на свободных электронах — позволяет ставить вопрос о практическом определении структуры изолированных биологических макромолекул и их комплексов. Дополнительным преимуществом работы с изолированными частицами является возможность получения информации о рассеянии во всех направлениях, а не только направлениях, ограниченных условиями дифракции Лауэ–Брэгга. Это существенно облегчает решение фазовой проблемы рентгеноструктурного анализа — определения значений фаз структурных факторов, недоступных для измерения в эксперименте. Данная работа посвящена двум направлениям развития предложенного ранее авторами метода решения фазовой проблемы, основанного на случайном сканировании конфигурационного пространства потенциальных решений фазовой проблемы. В работе предложен новый тип критерия отбора в процессе сканирования кандидатов на решение фазовой проблемы, включающий максимизацию статистического правдоподобия, и показана (в тестовых расчетах) его эффективность. Второе направление связано с выбором оптимальной стратегии сканирования. Показано, что в данном подходе постепенное расширение используемого в работе набора экспериментальных данных позволяет получать решения более высокого качества, нежели при одновременном включении в работу всех имеющихся данных. Такое расширение может осуществляться в неявном виде использованием в работе синтезов Фурье электронной плотности, взвешенных показателями достоверности имеющихся значений фаз.

Ключевые слова: рентгеновская кристаллография, фазовая проблема, XFEL, рассеяние изолированной частицей.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-04-01037_а
Agence Nationale de la Recherche ANR-10-INBS-05
This work was supported by the Russian Foundation for Basic Research (project 16-04-01037a). AU acknowledges the support and the use of resources of the French Infrastructure for Integrated Structural Biology FRISBI ANR-10-INBS-05 and of Instruct-ERIC.


DOI: https://doi.org/10.17537/2018.13.t70

Полный текст: PDF файл (1127 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.3
Материал поступил в редакцию 25.06.2018, опубликован 29.06.2018
Язык публикации: английский

Образец цитирования: N. L. Lunina, T. E. Petrova, A. G. Urzhumtsev, V. Y. Lunin, “The use of connected masks for reconstructing the single particle image from X-ray diffraction data. III. Maximum-likelihood based strategies to select solution of the phase problem”, Матем. биология и биоинформ., 13, Suppl. (2018), t70–t83

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{LunPetUrz18}
\by N.~L.~Lunina, T.~E.~Petrova, A.~G.~Urzhumtsev, V.~Y.~Lunin
\paper The use of connected masks for reconstructing the single particle image from X-ray diffraction data. III. Maximum-likelihood based strategies to select solution of the phase problem
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2018
\vol 13
\pages t70--t83
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb364}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2018.13.t70}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb364
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v13/i3/p70

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Цикл статей Перевод статьи
  • Просмотров:
    Эта страница:106
    Полный текст:26
    Литература:15
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021