Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2018, том 13, выпуск Suppl., страницы t162–t267 (Mi mbb368)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Переводы опубликованных статей

Theoretical and experimental investigations of DNA open states

[Теоретические и экспериментальные исследования открытых состояний ДНК]

A. S. Shigaev, O. A. Ponomarev, V. D. Lakhno

Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russia

Аннотация: Работа посвящена обзору и анализу литературных данных, касающихся свойств открытых состояний ДНК. Данные состояния возникают вследствие крупных флуктуаций дуплекса и оказывают большое влияние на целый ряд биохимических процессов, в том числе на перенос электрического заряда в ДНК. Проведён сравнительный анализ экспериментальных данных по кинетике и термодинамике открытых состояний ДНК в широком интервале температур. Объяснены противоречия между результатами разных экспериментов. На основе различия термодинамических свойств и других характеристик выделено три типа открытых состояний ДНК, а также дано современное определение термина «открытое состояние». Представлен краткий обзор простых математических моделей ДНК, в большинстве которых состояние каждой пары оснований описывается одной-двумя переменными. Рассмотрены основные проблемы исследования гетерогенной ДНК в рамках подходов данного уровня. Обсуждается роль каждой из групп моделей в интерпретации экспериментальных данных. Особое внимание уделено изучению процессов переноса и локализации энергии колебаний нуклеотидных пар в дуплексе при помощи механических моделей. Показано, что данные процессы играют ключевую роль в динамике гетерогенного дуплекса, а их теоретическое исследование крайне важно для развития современной молекулярной биологии и биофизики. Рассмотрены основные особенности теоретических подходов, благодаря которым удалось описать различные экспериментальные данные. Описаны перспективы развития моделей, предложены конкретные детали оптимизации, а также возможные способы модернизации некоторых экспериментальных методик.

Ключевые слова: модели ДНК, динамика ДНК, перенос энергии, локализация энергии, открытое состояние ДНК, пузырёк денатурации, открывание одиночной пары оснований.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 13-07-00331_а
13-07-00256_а
12-07-00279_а
12-07-33006_мол_а_вед
The authors are thankful to the Russian Foundation for Basic Research for support of this work (projects №13-07-00331, №13-07-00256, №12-07- 00279, №12-07-33006).


DOI: https://doi.org/10.17537/2018.13.t162

Полный текст: PDF файл (2798 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 538.9: 577.31
Материал поступил в редакцию 03.10.2018, опубликован 24.12.2018
Язык публикации: английский

Образец цитирования: A. S. Shigaev, O. A. Ponomarev, V. D. Lakhno, “Theoretical and experimental investigations of DNA open states”, Матем. биология и биоинформ., 13, Suppl. (2018), t162–t267

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ShiPonLak18}
\by A.~S.~Shigaev, O.~A.~Ponomarev, V.~D.~Lakhno
\paper Theoretical and experimental investigations of DNA open states
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2018
\vol 13
\pages t162--t267
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb368}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2018.13.t162}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb368
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v13/i3/p162

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Chevizovich D., Michieletto D., Mvogo A., Zakiryanov F., Zdravkovic S., “A Review on Nonlinear Dna Physics”, R. Soc. Open Sci., 7:11 (2020), 200774  crossref  isi
  • Просмотров:
    Эта страница:119
    Полный текст:30
    Литература:10
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021