Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2020, том 15, выпуск 2, страницы 441–454 (Mi mbb441)  

Биоинформатика

Исследование структуры кодирования ORF1ab, S, M и N генов коронавирусов

М. Б. Чалейa, Ж. С. Тюлькоbc, В. А. Кутыркинd

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Омский государственный медицинский университет Минздрава России, Омск, Россия
c ФГУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора», Омск, Россия
d Московский государственный технический университет имени Н. Э. Баумана, Москва, Россия

Аннотация: В работе спектрально-статистический подход применен к сравнительному анализу геномов коронавирусов четырех родов Alphacoronavirus, Betacoronavirus (включая новый SARS-CoV-2 вирус), Gammacoronavirus и Deltacoronavirus, который выполнялся с точки зрения наличия 3-регулярности и скрытой триплетной профильной периодичности в кодирующих последовательностях четырех структурных генов: ORF1ab, кодирующего транскриптазу; S-гена гликопротеина, формирующего шипы; M-гена мембранного белка; N-гена нуклеопротеина. Общее число анализируемых геномов составило 3410. Соответственно, оно определяло и численность каждой выделенной группы генов. В результате, практически во всех CDS анализируемых генов ORF1ab, S и N была выявлена скрытая профильная триплетная периодичность и высокое значение индекса 3- регулярности, как показателя качества сохранности триплетной структуры кодирования. Для M-генов, напротив, была выявлена тенденция к размытию их структуры кодирования вплоть до однородности 60 % этих генов в анализируемых геномах альфакоронавирусов и 67 % в геномах гаммакоронавирусов. Тенденция размытия такой структуры, сопровождаемая снижением среднего значения индекса 3-регулярности в сравнении с остальными генами, при сохранении триплетной профильной периодичности, была отмечена и для M-генов SARS-CoV-2 вируса. Возможно, отмеченная тенденция отражает значение изменчивости M-генов при адаптации коронавируса к новым хозяевам рода. Анализ матриц 3-профильной периодичности для четырех, анализируемых в работе генов вируса SARSCoV-2, выделенного в Европе, Азии и США, не выявил их значимого различия, что предполагает единый источник распространения этого вируса.

Ключевые слова: свойство 3-регулярности CDS, скрытая профильная триплетная периодичность, геном коронавируса, геном SARS-Cov-2 вируса, ORF1ab, S-ген, M-ген, N-ген.

DOI: https://doi.org/10.17537/2020.15.441

Полный текст: PDF файл (700 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
Материал поступил в редакцию 21.11.2020, 14.12.2020, опубликован 25.12.2020

Образец цитирования: М. Б. Чалей, Ж. С. Тюлько, В. А. Кутыркин, “Исследование структуры кодирования ORF1ab, S, M и N генов коронавирусов”, Матем. биология и биоинформ., 15:2 (2020), 441–454

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ChaTyuKut20}
\by М.~Б.~Чалей, Ж.~С.~Тюлько, В.~А.~Кутыркин
\paper Исследование структуры кодирования ORF1ab, S, M и N генов коронавирусов
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2020
\vol 15
\issue 2
\pages 441--454
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb441}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2020.15.441}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb441
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v15/i2/p441

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:52
    Полный текст:276
    Литература:2
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021