Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2020, том 15, выпуск Suppl., страницы t1–t20 (Mi mbb445)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Переводы опубликованных статей

Восстановление модулей и расчет фаз для дифракционной картины изолированной частицы с использованием бинарных масок объекта

В. Ю. Лунин, Н. Л. Лунина, Т. Е. Петрова

Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша Российской академии наук, Пущино, Россия

Аннотация: Развитие экспериментальной техники и, в частности, ввод в эксплуатацию рентгеновских лазеров на свободных электронах позволяют приблизиться к возможности регистрации рентгеновского рассеяния отдельной макромолекулярной частицей. Это открывает дорогу к определению методами рентгеновской дифракции структуры некристаллизованных макромолекулярных объектов. Возможность измерения интенсивностей не-Брэгговских рефлексов создает существенную избыточность экспериментальных данных, что существенно упрощает определение структуры объекта. Дискретизация непрерывной дифракционной картины на сетку с достаточно мелким шагом позволяет рассматривать проблему определения структуры как проблему определения структуры для “виртуального” кристалла с чрезвычайно большим относительным объемом растворителя в элементарной ячейке. В предположении, что область, занимаемая объектом в элементарной ячейке, известна, можно ожидать высокой эффективности решения фазовой проблемы итерационными методами, типа методов модификации электронной плотности. В то же время, итерационные методы чувствительны к точности задания области молекулы, неполноте экспериментальных данных и изначальной неединственности решения. Разработанный авторами метод предварительного решения фазовой проблемы осуществляет случайный поиск связных бинарных аппроксимаций распределения электронной плотности в объекте (масок области молекулы), воспроизводящих с достаточной точностью дифракционную картину, наблюдаемую в эксперименте. Выравнивание, в рамках группы эквивалентности решений фазовой проблемы, найденных масок с последующим усреднением позволяет получить приближенное решение фазовой проблемы. Помимо оценки неизвестных значений фаз структурных факторов, разработанный подход позволяет восстанавливать фрагменты дифракционной картины (значения модулей структурных факторов), потерянные в эксперименте. Примерами таких фрагментов могут служить нерегистрируемая центральная зона рентгенограммы или области “переэкспонированных” (ввиду ограниченности рабочего диапазона детектора) рефлексов.

Ключевые слова: биологические макромолекулы, одиночные частицы, рентгеновское рассеяние, рентгеновские лазеры на свободных электронах, фазовая проблема, восстановление дифракционных данных, эффективное разрешение.

DOI: https://doi.org/10.17537/2020.15.t1

Полный текст: PDF файл (1571 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
Материал поступил в редакцию 05.06.2020

Образец цитирования: В. Ю. Лунин, Н. Л. Лунина, Т. Е. Петрова, “Восстановление модулей и расчет фаз для дифракционной картины изолированной частицы с использованием бинарных масок объекта”, Матем. биология и биоинформ., 15, Suppl. (2020), t1–t20

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{LunLunPet20}
\by В.~Ю.~Лунин, Н.~Л.~Лунина, Т.~Е.~Петрова
\paper Восстановление модулей и расчет фаз для дифракционной картины изолированной частицы с использованием бинарных масок объекта
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2020
\vol 15
\pages t1--t20
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb445}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2020.15.t1}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb445
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v15/i3/p1

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Т. Е. Петрова, В. Ю. Лунин, “Определение структуры биологических макромолекулярных частиц с использованием рентгеновских лазеров. Достижения и перспективы”, Матем. биология и биоинформ., 15:2 (2020), 195–234  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:33
    Полный текст:5
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2022