RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2009, том 4, выпуск 2, страницы 66–80 (Mi mbb47)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Биоинформатика

Сдвиг фазы триплетной периодичности в нуклеотидных последовательностях генов

Е. В. Коротков, В. М. Руденко

Центр «Биоинженерия» РАН, г. Москва

Аннотация: Триплетная периодичность является общеизвестным свойством кодирующих последовательностей оснований ДНК. Однако недавно проведенные исследования показали, что около 20% (122829) последовательностей генов из банка данных KEGG (версии 29) не имеют триплетной периодичности без делеций/вставок на статистически значимом уровне. В данной работе ставилась задача показать, что отсутствие триплетной периодичности в некоторых последовательностях может быть обусловлено сдвигами открытой рамки считывания. Для выявления сдвигов рамки считывания предложен новый математический метод, основанный на вычислении меры сходства между типами триплетной периодичности фрагментов последовательности до и после позиции предполагаемого сдвига рамки считывания. С помощью разработанного подхода было найдено 4724 последовательности, имеющие сдвиг рамки считывания. Мы предположили, что в этих случаях мутации типа вставок или делеций привели к образованию новой рамки считывания и нарушению триплетной периодичности последовательности. Выявленные последовательности были перекодированы в аминокислотные последовательности по существующей рамке считывания и древней рамке считывания с учетом сдвига. Оказалось, что 243 последовательности, построенные по древней рамке, имеют подобие к аминокислотным последовательностям банка данных Swiss-Prot, что подтверждает наше предположение о возможности эволюции генов посредством сдвигов рамки считывания.

Ключевые слова: последовательность ДНК, триплетная периодичность, открытая рамка считывания, сдвиг открытой рамки считывания.

Полный текст: PDF файл (576 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 577.212.2+577.214
Материал поступил в редакцию 04.08.2009, опубликован 07.09.2009

Образец цитирования: Е. В. Коротков, В. М. Руденко, “Сдвиг фазы триплетной периодичности в нуклеотидных последовательностях генов”, Матем. биология и биоинформ., 4:2 (2009), 66–80

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KorRud09}
\by Е.~В.~Коротков, В.~М.~Руденко
\paper Сдвиг фазы триплетной периодичности в~нуклеотидных последовательностях генов
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2009
\vol 4
\issue 2
\pages 66--80
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb47}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb47
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v4/i2/p66

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. В. М. Руденко, Е. В. Коротков, “Применение метода Монте-Карло для поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 79–91  mathnet
  • Просмотров:
    Эта страница:235
    Полный текст:71
    Литература:33
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019