RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2010, том 5, выпуск 2, страницы 98–113 (Mi mbb51)  

Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)

Математическое моделирование

Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4$ '$,6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории

Е. В. Соболевa, Д. А. Тихоновa, Х. Фридманb, Т. Н. Труонгb

a Институт математических проблем биологии РАН
b Факультет химии, Центр теоретической химии Генри Эйринга, Университет Юты, США

Аннотация: Эффективный параллельный алгоритм численного решения уравнений RISM и определения свободной энергии гидратации был применен для изучения относительной энергии связывания 4$ '$,6-диамидино-2-фенилиндола (DAPI) с двумя различными сайтами в малом желобе ДНК. Эффективность вычислительной процедуры позволила рассчитать свободную энергию гидратации в каждой точке траектории, полученной методом молекулярной динамики, и более точно описать растворенную молекулу по сравнению с традиционным применением метода RISM для замороженных конфигураций.

Ключевые слова: термодинамика, гидратация макромолекул, свободная энергия Гиббса, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM, ДНК.

Полный текст: PDF файл (528 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.3, 51-76
Материал поступил в редакцию 21.07.2010, опубликован 14.09.2010

Образец цитирования: Е. В. Соболев, Д. А. Тихонов, Х. Фридман, Т. Н. Труонг, “Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4$ '$,6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 98–113

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SobTikFri10}
\by Е.~В.~Соболев, Д.~А.~Тихонов, Х.~Фридман, Т.~Н.~Труонг
\paper Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола в~малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2010
\vol 5
\issue 2
\pages 98--113
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb51}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb51
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v5/i2/p98

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев, “Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в приближении RISM”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 188–201  mathnet
    2. Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев, “Метод псевдосредних функций в теории RISM. Температурная зависимость гидратации пептида окситоцина”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 202–214  mathnet
    3. Е. В. Соболев, А. В. Данилкович, Д. А. Тихонов, “Метод интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM для исследования термодинамики самоорганизующихся ионных пептидов”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 493–507  mathnet
    4. Sobolev E.V. Danilkovich A.V. Udovichenko I.P. Lipkin V.M. Tikhonov D.A., “Methods of the Theory of Liquids as an Efficient Approach to the Analysis of Polar Peptide Complexes”, Dokl. Phys. Chem., 450:1 (2013), 122–125  crossref  isi  elib  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:139
    Полный текст:46
    Литература:40
    Первая стр.:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019