RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2010, том 5, выпуск 2, страницы 188–201 (Mi mbb54)  

Эта публикация цитируется в 3 научных статьях (всего в 3 статьях)

Математическое моделирование

Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в приближении RISM

Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев

Институт математических проблем биологии РАН

Аннотация: Предложен новый подход к исследованию влияния растворителя на молекулярные системы, основанный на теории интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM. Получено новое интегральное уравнение, в котором матрица внутримолекулярных корреляций усредняется по молекулярным траекториям, рассчитываемым методом молекулярной динамики. Такой способ позволяет учитывать подвижность растворенных молекул при оценках эффекта сольватации. Выполнено сравнение результатов полученных в рамках нового подхода со стандартными расчетами средних по траектории термодинамических величин на примере пептида окситоцина. Показано, что все структурные и термодинамические параметры сольватации пептида, полученные в рамках нового метода, лежат в интервале статистической погрешности при усреднении по траектории.

Ключевые слова: гидратация макромолекул, стационарная динамическая траектория, термодинамика, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM.

Полный текст: PDF файл (414 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.3, 544.35
Материал поступил в редакцию 01.12.2010, опубликован 17.12.2010

Образец цитирования: Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев, “Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в приближении RISM”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 188–201

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TikSob10}
\by Д.~А.~Тихонов, Е.~В.~Соболев
\paper Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в~приближении RISM
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2010
\vol 5
\issue 2
\pages 188--201
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb54}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb54
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v5/i2/p188

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев, “Метод псевдосредних функций в теории RISM. Температурная зависимость гидратации пептида окситоцина”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 202–214  mathnet
    2. Е. В. Соболев, А. В. Данилкович, Д. А. Тихонов, “Метод интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM для исследования термодинамики самоорганизующихся ионных пептидов”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 493–507  mathnet
    3. Sobolev E.V., Danilkovich A.V., Udovichenko I.P., Lipkin V.M., Tikhonov D.A., “Methods of the Theory of Liquids as an Efficient Approach to the Analysis of Polar Peptide Complexes”, Dokl. Phys. Chem., 450:1 (2013), 122–125  crossref  isi  elib  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:139
    Полный текст:46
    Литература:27
    Первая стр.:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019