Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2011, том 6, выпуск 1, страницы 14–22 (Mi mbb62)  

Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»

Поиск низкомолекулярного лиганда для афинной хроматографической очистки фактора свёртывания крови VIII человека молекулярным докингом in silico

В. А. Мацкевичab, Н. А. Орловаa, И. И. Воробьевab, А. С. Юрьевa, А. И. Воробьевa

a Гематологический научный центр, Российская академия медицинских наук, Москва, Россия
b Институт биоорганической химии им. М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Российская академия наук, Москва, Россия

Аннотация: При отборе группы синтетических лигандов-кандидатов для очистки рекомбинантного фактора свёртывания крови VIII был использован метод докинга in silico. Созданные Кесслером и соавторами пептидомиметические лиганды L3 и L4, которые обратимо связывают молекулу фактора VIII, были использованы как образцовые лиганды сравнения. Предположительные сайты связывания этих лигандов были размещены на поверхности доменов C1 и/или С2 молекулы фактора VIII.
В настоящей работе мы смоделировали взаимодействие лигандов L3 и L4 c предположенными теоретически поверхностями связывания, размещёнными на вершинных областях доменов C1 и C2 фактора VIII. Было обнаружено, что оба образцовых лиганда сравнения связываются с картироваными поверхностями связывания со значительными композитными индексами докинга. Эти поверхности были использованы для докинга библиотек двух поставщиков коммерчески доступных соединений in silico. Конечные композитные индексы докинга наилучших лигандов-кандидатов из обеих библиотек находятся в одном диапазоне, который соответствует образцовым лигандам. Фильтрация исходных библиотек по признаку наличия функциональных групп, за которые лиганды-кандидаты могут быть иммобилизованы на подложку для проверки афинности, специфичности и обратимости связывания, сильно сократило время расчётов при докинге, а добавка (во время подготовки фильтрованной библиотеки к докингу) линкерной группы, за которую лиганд-кандидат мог бы быть иммобилизован на подложку, увеличило химическую релевантность отобранных докингом наилучших лигандов-кандидатов. Группа из малого числа наилучших лигандов-кандидатов будет в дальнейшем проверена на афинность, специфичность и обратимость связывания с фактором VIII.

Ключевые слова: докинг, лиганд, фактор VIII, биотехнология.

Полный текст: PDF файл (335 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 577.322
Материал поступил в редакцию 24.12.2010, опубликован 28.01.2011

Образец цитирования: В. А. Мацкевич, Н. А. Орлова, И. И. Воробьев, А. С. Юрьев, А. И. Воробьев, “Поиск низкомолекулярного лиганда для афинной хроматографической очистки фактора свёртывания крови VIII человека молекулярным докингом in silico”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 14–22

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{MatOrlVor11}
\by В.~А.~Мацкевич, Н.~А.~Орлова, И.~И.~Воробьев, А.~С.~Юрьев, А.~И.~Воробьев
\paper Поиск низкомолекулярного лиганда для афинной хроматографической очистки фактора свёртывания крови VIII человека молекулярным докингом in silico
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2011
\vol 6
\issue 1
\pages 14--22
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb62}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb62
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v6/i1/p14

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:208
    Полный текст:59
    Литература:34
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021