RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2011, том 6, выпуск 1, страницы 39–52 (Mi mbb64)  

Эта публикация цитируется в 3 научных статьях (всего в 3 статьях)

Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»

Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах

С. С. Киселев, О. Н. Озолинь

Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: Предложена унифицированная версия компьютерной программы поиска промоторов PlatPromU, базирующаяся на эволюционной консервативности структурной организации бактериального аппарата транскрипции. В отличие от исходного алгоритма PlatProm, оптимизированного для узнавания $\sigma^\mathrm D$-зависимых промоторов Escherichia coli (E.coli), новая версия не использует весовых матриц, отражающих частоту присутствия консервативных пар в элементах $-10$ и $-35$. Её предсказательный потенциал оценивали по способности распознавать известные промоторы Corynebacterium glutamicum (C.glutamicum) – эволюционно удалённого от E.coli микроорганизма. Оказалось, что “чувствительность” PlatPromU сопоставима с предсказательным потенциалом специализированной программы (PlatPromC), адаптированной к узнаванию регуляторных участков C.glutamicum, и выше, чем у исходного алгоритма PlatProm. Это значит, что унифицированная программа, моделирующая только структурно-конформационные свойства промоторной ДНК, может быть рекомендована в качестве инструмента для предварительного поиска регуляторных участков в геномах с неизвестным контекстом специфических элементов.

Ключевые слова: универсальный алгоритм поиска промоторов, аннотация бактериальных геномов.

Полный текст: PDF файл (429 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 579.252
Материал поступил в редакцию 21.01.2011, опубликован 03.02.2011

Образец цитирования: С. С. Киселев, О. Н. Озолинь, “Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 39–52

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KisOzo11}
\by С.~С.~Киселев, О.~Н.~Озолинь
\paper Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в~бактериальных геномах
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2011
\vol 6
\issue 1
\pages 39--52
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb64}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb64
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v6/i1/p39

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. В. В. Панюков, С. С. Киселев, К. С. Шавкунов, И. С. Масулис, О. Н. Озолинь, “Мультиспецифичные промоторные островки как участки генома с необычными структурными и функциональными свойствами”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 432–448  mathnet
    2. Н. Ю. Маркелова, И. С. Масулис, О. Н. Озолинь, “REP-элементы генома Escherichia coli и сигналы транскрипции: позиционный и функциональный анализ”, Матем. биология и биоинформ., 10:1 (2015), 245–259  mathnet  crossref
    3. Н. А. Сухаричева, С. С. Киселев, О. Н. Озолинь, И. С. Масулис, “Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области oppA-oppB у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 294–308  mathnet  crossref
  • Просмотров:
    Эта страница:143
    Полный текст:57
    Литература:36
    Первая стр.:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018