RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2011, том 6, выпуск 1, страницы 53–62 (Mi mbb65)  

Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)

Математическое моделирование

К вопросу о выборе потенциальных полей для изучения молекулярной динамики ионных пептидов и их димеров

А. В. Данилковичab, Д. А. Тихоновc, Е. В. Соболевc, Т. Е. Шадринаab, И. П. Удовиченкоab

a Пущинский государственный университет, Пущино, Московская область, Россия
b Филиал института биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Российская академия наук, Пущино, Московская область, Россия
c Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, Россия

Аннотация: В работе получены сравнительные данные о влиянии потенциальных полей AMBER ff03, ff99SB и ff96 на результаты экспериментов по молекулярному моделированию димеров, образованных ионными пептидами $\mathrm{NH_2\text-(RADA)_4\text-COOH}$ в $\beta$-конформации, при двух значениях температуры. Показано, что моделирование в условиях явного водного окружения наиболее информативно по сравнению с неявными методами, при этом использование различных полей сил оказывает существенное влияние на стабильность исходной конформации пептидной молекулы во времени. Сделан вывод о том, что модельная среда ff99SB обеспечивает большую стабильность антипараллельных $\beta$-структур в составе димера при 300 К, в то время как ff96 не только обеспечивает наибольшую устойчивость исходной конформации пептида к изменению температуры, но также обладает высоким потенциалом удержания молекулой пептида антипараллельной $\beta$-конформации, определяющей способность $\mathrm{NH_2\text-(RADA)_4\text-COOH}$ к самоорганизации.

Ключевые слова: самоорганизующиеся пептиды, ионные пептиды, молекулярная динамика, AMBER.

Полный текст: PDF файл (956 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Тип публикации: Статья
УДК: 577.112.6/.7+577.13
Материал поступил в редакцию 18.02.2011, опубликован 04.03.2011

Образец цитирования: А. В. Данилкович, Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев, Т. Е. Шадрина, И. П. Удовиченко, “К вопросу о выборе потенциальных полей для изучения молекулярной динамики ионных пептидов и их димеров”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 53–62

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{DanTikSob11}
\by А.~В.~Данилкович, Д.~А.~Тихонов, Е.~В.~Соболев, Т.~Е.~Шадрина, И.~П.~Удовиченко
\paper К вопросу о~выборе потенциальных полей для изучения молекулярной динамики ионных пептидов и их димеров
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2011
\vol 6
\issue 1
\pages 53--62
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb65}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb65
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v6/i1/p53

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Перевод статьи

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. А. В. Данилкович, Е. В. Соболев, Д. А. Тихонов, Т. Е. Шадрина, И. П. Удовиченко, “Молекулярная динамика комплексов самоорганизующихся ионных пептидов $\mathrm{(RADA)_4}$”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 92–101  mathnet
    2. Данилкович А.В., Липкин В.М., Удовиченко И.П., “Классификация самоорганизующихся пептидов”, Биоорганическая химия, 37:6 (2011), 780–785  elib; Danilkovich A.V., Lipkin V.M., Udovichenko I.P., “Classification of self-organizing peptides”, Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 37:6 (2011), 707–712  crossref  isi  scopus
    3. Е. В. Соболев, А. В. Данилкович, Д. А. Тихонов, “Метод интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM для исследования термодинамики самоорганизующихся ионных пептидов”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 493–507  mathnet
    4. Danilkovich A.V. Sobolev E.V. Tikhonov D.A. Udovichenko I.P. Lipkin V.M., “Distinctive H-(Rldl)(4)-Oh Peptide Complexes Potentiate Nanostructure Self-Assembling in Water”, Dokl. Biochem. Biophys., 443:1 (2012), 96–99  crossref  isi  elib  scopus
  • Просмотров:
    Эта страница:267
    Полный текст:56
    Литература:30
    Первая стр.:1

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019