RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. биология и биоинформ., 2011, том 6, выпуск 1, страницы 79–91 (Mi mbb68)  

Биоинформатика

Применение метода Монте-Карло для поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах

В. М. Руденкоab, Е. В. Коротковba

a Центр «Биоинженерия», Российская академия наук, Москва, Россия
b НИЯУ МИФИ, Москва, Россия

Аннотация: В статье предложен метод поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах, основанный на обнаружении точек разладки в распределении частот триплетов. Оценка статистической значимости разладки проводилась с помощью метода Монте-Карло. Корректность разработанного метода была продемонстрирована на последовательностях ДНК, содержащих искусственно внесенные в последовательность вставки. На предмет присутствия точек разладки были проанализированы последовательности банка данных KEGG GENES. На уровне значимости 6 % было обнаружено, что более 140 тыс. последовательностей содержат точки разладки. Была проведена классификация последовательностей, имеющих точки разладки, по полю description в банке данных KEGG GENES. Оказалось, что большое число этих последовательностей являются псевдогенами, а во многих из них ранее были выявлены сдвиги рамки считывания. Наряду с этими последовательностями точки разладки были идентифицированы в генах, кодирующих PE-PGRS, cation channel family protein, PPE family protein и многие другие белки. Обсуждается связь между наличием в последовательности ДНК точки разладки и сдвигом рамки считывания.

Ключевые слова: последовательность ДНК, рамка считывания, сдвиг рамки считывания, точка разладки, метод Монте-Карло.

Полный текст: PDF файл (504 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл
Тип публикации: Статья
УДК: 577.212.2+577.214
Материал поступил в редакцию 29.03.2011, опубликован 16.05.2011

Образец цитирования: В. М. Руденко, Е. В. Коротков, “Применение метода Монте-Карло для поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 79–91

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{RudKor11}
\by В.~М.~Руденко, Е.~В.~Коротков
\paper Применение метода Монте-Карло для поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в~генах
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2011
\vol 6
\issue 1
\pages 79--91
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb68}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mbb68
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mbb/v6/i1/p79

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:368
    Полный текст:79
    Литература:24
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2019