RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор
Правила для авторов

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Матем. моделирование, 2016, том 28, номер 5, страницы 95–108 (Mi mm3732)  

Эта публикация цитируется в 5 научных статьях (всего в 5 статьях)

Эффективность алгоритмов классической молекулярной динамики на суперкомпьютерном аппаратном обеспечении

Г. С. Смирновab, В. В. Стегайловab

a Московский физико-технический институт (Государственный университет)
b Объединенный институт высоких температур РАН

Аннотация: Развитие аппаратного обеспечения для высокопроизводительных расчетов опережает адаптацию алгоритмов для таких фундаментальных математических алгоритмов, как классическая молекулярная динамика. Большое разнообразие выбора обуславливает необходимость ясных критериев, основанных на вычислительной эффективности определенного алгоритма на определенном аппаратном обеспечении. Тест LINPACK не может более служить этой цели. В этой работе мы рассматриваем основанную на практических соображениях метрику «время решения–пиковая производительность». В этой метрике мы сравниваем различное аппаратное обеспечение (как современное, так и вышедшее из употребления) на примере тестов программного обеспечения LAMMPS, широко используемого для атомистического моделирования. Показано, что рассмотренная метрика может служить для однозначного сравнения различных комбинаций центральных процессоров, ускорителей и интерконнекта.

Ключевые слова: атомистическое моделирование, архитектура процессоров, ускорители, пиковая производительность.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 13-01-12070_офи_м
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций
Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ 13-01-12070-офи_м и программы фундаментальных исследований Президиума РАН по стратегическим направлениям развития науки «Фундаментальные проблемы математического моделирования» (координатор программы – академик В.Б. Бетелин).


Полный текст: PDF файл (429 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Англоязычная версия:
Mathematical Models and Computer Simulations, 2016, 8:6, 734–743

Реферативные базы данных:

Тип публикации: Статья
Поступила в редакцию: 21.04.2015

Образец цитирования: Г. С. Смирнов, В. В. Стегайлов, “Эффективность алгоритмов классической молекулярной динамики на суперкомпьютерном аппаратном обеспечении”, Матем. моделирование, 28:5 (2016), 95–108; Math. Models Comput. Simul., 8:6 (2016), 734–743

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SmiSte16}
\by Г.~С.~Смирнов, В.~В.~Стегайлов
\paper Эффективность алгоритмов классической молекулярной динамики на суперкомпьютерном аппаратном обеспечении
\jour Матем. моделирование
\yr 2016
\vol 28
\issue 5
\pages 95--108
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mm3732}
\elib{http://elibrary.ru/item.asp?id=26414262}
\transl
\jour Math. Models Comput. Simul.
\yr 2016
\vol 8
\issue 6
\pages 734--743
\crossref{https://doi.org/10.1134/S2070048216060156}
\scopus{http://www.scopus.com/record/display.url?origin=inward&eid=2-s2.0-84994831676}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/mm3732
  • http://mi.mathnet.ru/rus/mm/v28/i5/p95

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. V. S. Akimov, D. P. Silaev, A. A. Aksenov, S. V. Zhluktov, D. V. Savitskiy, A. S. Simonov, “FlowVision scalability on supercomputers with Angara interconnect”, Lobachevskii J. Math., 39:9 (2018), 1159–1169  crossref  mathscinet  zmath  isi  scopus
    2. S. V. Polyakov, V. O. Podryga, D. V. Puzyrkov, “High performance computing in multiscale problems of gas dynamics”, Lobachevskii J. Math., 39:9 (2018), 1239–1250  crossref  mathscinet  zmath  isi  scopus
    3. A. Semenov, A. Mazeev, D. Doropheev, T. Yusubaliev, “Unsupervised graph anomaly detection algorithms implemented in Apache Spark”, Lobachevskii J. Math., 39:9 (2018), 1262–1269  crossref  mathscinet  zmath  isi  scopus
    4. V. Stegailov, A. Agarkov, S. Biryukov, T. Ismagilov, M. Khalilov, N. Kondratyuk, E. Kushtanov, D. Makagon, A. Mukosey, A. Semenov, A. Simonov, A. Timofeev, V. Vecher, “Early performance evaluation of the hybrid cluster with torus interconnect aimed at molecular-dynamics simulations”, PPAM 2017: Parallel Processing and Applied Mathematics, v. I, Lecture Notes in Computer Science, 10777, eds. R. Wyrzykowski, J. Dongarra, E. Deelman, Springer, 2018, 327–336  crossref  mathscinet  isi  scopus
    5. Stegailov V., Dlinnova E., Ismagilov T., Khalilov M., Kondratyuk N., Makagon D., Semenov A., Simonov A., Smirnov G., Timofeev A., “Angara Interconnect Makes Gpu-Based Desmos Supercomputer An Efficient Tool For Molecular Dynamics Calculations”, Int. J. High Perform. Comput. Appl., 33:3, SI (2019), 507–521  crossref  isi
  • Математическое моделирование
    Просмотров:
    Эта страница:318
    Полный текст:99
    Литература:31
    Первая стр.:18
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020