RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Главная страница
О проекте
Программное обеспечение
Классификаторы
Полезные ссылки
Пользовательское
соглашение

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Phys. A, 2014, том 393, страницы 86–95 (Mi pha1)  

Quinary lattice model of secondary structures of polymers

S. V. Kozyrev, I. V. Volovich

Steklov Mathematical Institute, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia

Аннотация: In the standard approach to lattice proteins models based on nearest neighbor interaction are used. In this kind of model it is difficult to explain the existence of secondary structures—special preferred conformations of protein chains.
In the present paper a new lattice model of proteins is proposed which is based on nonlocal cooperative interactions. In this model the energy of a conformation of a polymer is equal to the sum of energies of conformations of fragments of the polymer chain of length five.
It is shown that this quinary lattice model is able to describe at a qualitative level secondary structures of proteins: for this model all conformations with minimal energy are combinations of lattice models of alpha-helix and beta-strand. Moreover for lattice polymers of length not longer that 38 monomers we can describe all conformations with minimal energy.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 11-01-00828-a
Министерство образования и науки Российской Федерации NSh-2928.2012.1
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций
This paper was partially supported by the grant from the Russian Foundation for Basic Research RFBR 11-01-00828-a, by the grant from the President of Russian Federation for the support of scientific schools NSh-2928.2012.1, and by the Program of the Department of Mathematics of the Russian Academy of Science ‘‘Modern problems of theoretical mathematics’’.


DOI: https://doi.org/10.1016/j.physa.2013.09.020


Реферативные базы данных:

Тип публикации: Статья
Поступила в редакцию: 05.05.2013
Исправленный вариант: 04.09.2013
Язык публикации: английский

Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/pha1

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:17

     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018