RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор
Правила для авторов

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Пробл. передачи информ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Пробл. передачи информ., 2005, том 41, выпуск 4, страницы 57–77 (Mi ppi115)  

Эта публикация цитируется в 14 научных статьях (всего в 14 статьях)

Теория кодирования

О ДНК-кодах

А. Г. Дьячковa, П. А. Виленкинa, И. К. Исмагиловa, Р. С. Сарбаевa, А. Макулаb, Д. Торниc, С. Уайтc

a Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, механико-математический факультет
b Исследовательская лаборатория ВВС США
c Национальная лаборатория теоретической биологии и биофизики, Лос-Аламос

Аннотация: Исследуются некоторые функции сходства на множестве $q$-ичных последовательностей. Для случая $q=4$ они могут быть использованы для моделирования термодинамической энергии связи последовательностей ДНК [1, 2], что имеет ряд приложений в молекулярной биологии. На основе указанных функций сходства определяются коды, называемые ДНК-кодами [1]. Даем краткие доказательства ранее анонсированных [3], но неопубликованных результатов, связанных с известной функцией сходства выпадений [4–6]. Она равна длине наибольшей общей подпоследовательности и применяется в теории кодов, исправляющих ошибки выпадений и вставок [5]. Основной целью статьи является изучение другой функции сходства, называемой сходством блоков. Ее отличие от предыдущей заключается в том, что на подпоследовательности накладывается некоторое дополнительное условие блочности (мотивированное биологическими соображениями [2]), за счет которого не все подпоследовательности оказываются допустимыми. Получены нижние оценки на объем оптимального ДНК-кода для указанной функции сходства. Приводятся некоторые конструкции близких к оптимальным ДНК-кодов, являющихся подкодами кода с проверкой на четность для обнаружения одной ошибки в метрике Хэмминга [7].

Полный текст: PDF файл (2357 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Англоязычная версия:
Problems of Information Transmission, 2005, 41:4, 349–367

Реферативные базы данных:

УДК: 621.391.15
Поступила в редакцию: 12.04.2005
После переработки: 30.08.2005

Образец цитирования: А. Г. Дьячков, П. А. Виленкин, И. К. Исмагилов, Р. С. Сарбаев, А. Макула, Д. Торни, С. Уайт, “О ДНК-кодах”, Пробл. передачи информ., 41:4 (2005), 57–77; Problems Inform. Transmission, 41:4 (2005), 349–367

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{DyaVilIsm05}
\by А.~Г.~Дьячков, П.~А.~Виленкин, И.~К.~Исмагилов, Р.~С.~Сарбаев, А.~Макула, Д.~Торни, С.~Уайт
\paper О~ДНК-кодах
\jour Пробл. передачи информ.
\yr 2005
\vol 41
\issue 4
\pages 57--77
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ppi115}
\mathscinet{http://www.ams.org/mathscinet-getitem?mr=2198227}
\zmath{https://zbmath.org/?q=an:1099.92024}
\transl
\jour Problems Inform. Transmission
\yr 2005
\vol 41
\issue 4
\pages 349--367
\crossref{https://doi.org/10.1007/s11122-006-0004-3}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/ppi115
  • http://mi.mathnet.ru/rus/ppi/v41/i4/p57

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
    Замечания
    • Письмо в редакцию
      А. Г. Дьячков, П. А. Виленкин, И. К. Исмагилов, Р. С. Сарбаев, А. Макула, Д. Торни, С. Уайт
      Пробл. передачи информ., 2006, 42:2, 109


    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. D'yachkov A.G., Macula A.J., Pogozelski W.K., Renz Th.E., Rykov V.V., Torney D.C., “New $t$-gap insertion-deletion-like metrics for DNA hybridization thermodynamic modeling”, J. Comput. Biol., 13:4 (2006), 866–881  crossref  mathscinet  isi
    2. Bishop M.A., D'yachkov A.G., Macula A.J., Renz Th.E., Rykov V.V., “Free energy gap and statistical thermodynamic fidelity of DNA codes”, J. Comput. Biol., 14:8 (2007), 1088–1104  crossref  mathscinet  isi  elib
    3. Bishop M., Macula A.J., Nimmo K., Wood L., Pogozelski W.K., Renz Th.E., “Group testing to annihilate pairs applied to DNA cross-hybridization elimination using SYBR Green I”, J. Comput. Biol., 14:1 (2007), 84–96  crossref  mathscinet  isi  elib
    4. Macula A.J., Schliep A., Bishop M.A., Renz Th.E., “New, improved, and practical $k$-stem sequence similarity measures for probe design”, J. Comput. Biol., 15:5 (2008), 525–534  crossref  mathscinet  isi  elib
    5. D'yachkov A., Macula A., Renz T., Rykov V., “Random Coding Bounds for DNA Codes Based on Fibonacci Ensembles of DNA Sequences”, 2008 IEEE International Symposium on Information Theory Proceedings, 2008, 2292–2296  crossref  isi
    6. D'yachkov A., Macula A., Rykov V., Ufimtsev V., “DNA codes based on stem similarities between DNA sequences”, Dna Computing, Lecture Notes in Computer Science, 4848, 2008, 146–151  crossref  zmath  isi
    7. А. Г. Дьячков, А. Н. Воронина, “ДНК-коды для аддитивного стебельного сходства”, Пробл. передачи информ., 45:2 (2009), 56–77  mathnet  mathscinet  zmath; A. G. Dyachkov, A. N. Voronina, “DNA codes for additive stem similarity”, Problems Inform. Transmission, 45:2 (2009), 124–144  crossref  isi
    8. А. Н. Воронина, “Об объемах сфер для стебельного расстояния”, Пробл. передачи информ., 46:1 (2010), 9–19  mathnet  mathscinet; A. N. Voronina, “On volumes of spheres for the stem distance”, Problems Inform. Transmission, 46:1 (2010), 7–16  crossref  isi
    9. В. С. Лебедев, “О перечислении $q$-ичных последовательностей, содержащих подблок 00 фиксированное число раз”, Пробл. передачи информ., 46:4 (2010), 116–121  mathnet  mathscinet; V. S. Lebedev, “On enumeration of $q$-ary sequences with a fixed number of occurrences of the subblock 00”, Problems Inform. Transmission, 46:4 (2010), 376–381  crossref  isi
    10. D'yachkov A., Voronina A., Macula A., Renz T., Rykov V., “On Critical Relative Distance of DNA Codes for Additive Stem Similarity”, 2010 IEEE International Symposium on Information Theory, IEEE International Symposium on Information Theory, 2010, 1325–1329  isi
    11. Dyachkov A., Volkova J., Polyanskii N., “DNA Codes for Generalized Stem Similarity”, 2011 IEEE International Symposium on Information Theory Proceedings (ISIT), 2011, 1564–1568  crossref  isi
    12. А. Г. Дьячков, А. Н. Кузина, Н. А. Полянский, А. Макула, В. В. Рыков, “ДНК-коды для неаддитивного стебельного сходства”, Пробл. передачи информ., 50:3 (2014), 51–75  mathnet; A. G. D'yachkov, A. N. Kuzina, N. A. Polyansky, A. Macula, V. V. Rykov, “DNA codes for nonadditive stem similarity”, Problems Inform. Transmission, 50:3 (2014), 247–269  crossref  isi
    13. Shen D. Dittmer D.P. Marron J.S., “the Limits of Multiplexing”, Wiley Interdiscip. Rev.-Comput. Stat., 7:6 (2015), 394–399  crossref  isi  elib
    14. Hong H. Wang L. Ahmad H. Li J. Yang Y. Wu Ch., “Construction of Dna Codes By Using Algebraic Number Theory”, Finite Fields their Appl., 37 (2016), 328–343  crossref  mathscinet  zmath  isi  elib
  • Проблемы передачи информации Problems of Information Transmission
    Просмотров:
    Эта страница:424
    Полный текст:148
    Литература:30
    Первая стр.:1
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020