Труды института системного программирования РАН
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Труды ИСП РАН:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Труды ИСП РАН, 2016, том 28, выпуск 2, страницы 221–242 (Mi tisp31)  

Parallel processing and visualization for results of molecular simulation problems

[Параллельная обработка и визуализация для результатов моделирования методом молекулярной динамики]

D. V. Puzyrkov, V. O. Podryga, S. V. Polyakov

Keldysh Institute of Applied Mathematics (Russian Academy of Sciences)

Аннотация: В этой работе авторами представляется библиотека "mmdlab" для интерпретируемого языка программирования Python. Эта библиотека позволяет осуществлять чтение, обработку и визуализацию результатов численных расчетов задач молекулярного моделирования. Учитывая большой объем данных, получаемый в результате проведения таких симуляций, существует необходимость в параллельной реализации алгоритмов для обработки таких объемов. Параллельная обработка должна выполняться как на многоядерных системах, таких как обычный современный компьютер, так и на суперкомпьютерных системах и кластерах, где происходило численное моделирование методом молекулярной динамики. В процессе разработки данной библиотеки была изучена эффективность языка Python для таких задач и были рассмотрены инструменты, позволяющие увеличить производительность программ на этом языке. Также были изучены возможности данного языка в отношении параллельных вычислений и инструменты, позволяющие использовать для вычислений системы кластерного типа. Кроме того, были исследованы проблемы загрузки и обработки данных, расположенных на множестве вычислительных узлов. Это было вызвано необходимостью обрабатывать данные, полученные с помощью параллельного алгоритма, который выполнялся на нескольких вычислительных узлах и сохранял результаты на каждом из них. В качестве инструмента для научной визуализации был выбран пакет с открытым исходным кодом "Mayavi2". Разработанная библиотека "mmdlab" была использована для анализа результатов МД моделирования взаимодействия газа с металлической пластиной. В результате применения данной библиотеки удалось в деталях наблюдать эффект адсорбции, который важен для многих практических приложений.

Ключевые слова: параллельная обработка, визуализация, молекулярная динамика, Python, Mayavi2

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 15-07-06082-a
15-29-07090-ofi_m


DOI: https://doi.org/10.15514/ISPRAS-2016-28(2)-15

Полный текст: PDF файл (344 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Реферативные базы данных:

Тип публикации: Статья
Язык публикации: английский

Образец цитирования: D. V. Puzyrkov, V. O. Podryga, S. V. Polyakov, “Parallel processing and visualization for results of molecular simulation problems”, Труды ИСП РАН, 28:2 (2016), 221–242

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{PuzPodPol16}
\by D.~V.~Puzyrkov, V.~O.~Podryga, S.~V.~Polyakov
\paper Parallel processing and visualization for results of molecular simulation problems
\jour Труды ИСП РАН
\yr 2016
\vol 28
\issue 2
\pages 221--242
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/tisp31}
\crossref{https://doi.org/10.15514/ISPRAS-2016-28(2)-15}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=26480316}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/tisp31
  • http://mi.mathnet.ru/rus/tisp/v28/i2/p221

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Труды института системного программирования РАН
    Просмотров:
    Эта страница:100
    Полный текст:62
    Литература:21
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2022