Вычислительные методы и программирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Выч. мет. программирование, 2013, том 14, выпуск 4, страницы 483–495 (Mi vmp138)  

Вычислительные методы и приложения

Ускорение молекулярно-динамических расчетов с помощью быстрого метода мультиполей и графических процессоров

Д. Ф. Марьинa, В. Л. Малышевa, Е. Ф. Моисееваa, Н. А. Гумеров, И. Ш. Ахатов, К. И. Михайленкоa

a Башкирский государственный университет, Центр микро- и наномасштабной динамики дисперсных систем (ЦМНДДС, БашГУ)

Аннотация: Работа посвящена ускорению моделирования методами молекулярной динамики электростатических потенциалов на примере молекул воды. Высокопроизводительные вычисления достигаются путем комбинированного подхода с применением быстрого метода мультиполей (FMM) для вычисления сил и применением гетерогенных архитектур, состоящих из центральных и графических процессорных устройств (CPU и GPU соответственно). Метод FMM позволяет ускорить вычисления дальнодействующих взаимодействий за счет уменьшения вычислительной сложности до линейной. Использование GPU позволяет достичь значительных ускорений в вычислениях. Реализация метода FMM на GPU предоставляет возможность проводить численные эксперименты над большими системами. Показано, что предложенная методика имеет хорошую масштабируемость и может быть использована для моделирования динамики воды в области с размерами 60 нм или числом молекул воды порядка 10 миллионов на персональных рабочих станциях, оборудованных одним GPU.

Ключевые слова: молекулярная динамика; электростатическое взаимодействие; быстрый метод мультиполей; FMM; гетерогенные вычисления; GPU.

Полный текст: PDF файл (616 kB)
Тип публикации: Статья
УДК: 004.021+519.683+519.684
Поступила в редакцию: 31.07.2013

Образец цитирования: Д. Ф. Марьин, В. Л. Малышев, Е. Ф. Моисеева, Н. А. Гумеров, И. Ш. Ахатов, К. И. Михайленко, “Ускорение молекулярно-динамических расчетов с помощью быстрого метода мультиполей и графических процессоров”, Выч. мет. программирование, 14:4 (2013), 483–495

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{MarMalMoi13}
\by Д.~Ф.~Марьин, В.~Л.~Малышев, Е.~Ф.~Моисеева, Н.~А.~Гумеров, И.~Ш.~Ахатов, К.~И.~Михайленко
\paper Ускорение молекулярно-динамических расчетов с помощью быстрого метода мультиполей и графических процессоров
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2013
\vol 14
\issue 4
\pages 483--495
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp138}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vmp138
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vmp/v14/i4/p483

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Вычислительные методы и программирование
    Просмотров:
    Эта страница:120
    Полный текст:42
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021